Do krypty zo 17. storočia sa Trnavčania dostanú len raz za rok, pri príležitosti Sviatku všetkých svätých. Podzemná krypta má dve päťdesiat metrov dlhé chodby, ktoré sa na konci spájajú. Pochovaní sú v nej členovia rehole, ale aj niekoľko významných svetských osobností. Bez problémov možno identifikovať hrob šľachtičnej Zuzany Forgáčovej (1582 - 1632). Jej tragický príbeh je známy z románu Žena dvoch mužov od Joža Nižnánskeho.

Časť krypty slúži na ukladanie kostí a lebiek nájdených v okolí kostola a kláštora pri stavebných prácach a archeologických prieskumoch. Aj tieto nálezy si odvážnejší návštevníci môžu pozrieť. Podľa františkánskych mníchov v krypte aj v súčasnosti pochovávajú členov rehole, podmienkou posledného odpočinku pod kostolom je želanie zosnulého a cínová truhla. Krypty sú aj pod ďalšími trnavskými kostolmi, najvzácnejšia s hrobmi viacerých arcibiskupov sa nachádza pod farským Kostolom svätého Mikuláša. Väčšina krýpt však zostáva pre verejnosť neprístupná. (tasr)