Ďalšou skupinou sťažností boli výhrady voči konaniu riaditeľa. Z 57 sťažností bolo trinásť opodstatnených (22 percent). Pisatelia vyjadrili nespokojnosť s platovým zaradením, nevyplatením odmeny alebo odvolaním z funkcie.
Na ministerstvo prichádzajú aj sťažnosti na zhoršenie životného prostredia (kvôli zmeneným hygienickým podmienkam, hlučnosti či prašnosti) a na podmienky bývania. Z 29 sťažností bolo opodstatnených šesť (20%). Sťažností na poberanie úplatkov bolo len sedem – z toho päť anonymných.
V roku 2000 prišlo na ministerstvo spolu 86 anonymov, z toho 11 bolo opodstatnených. Výhrady sa týkali najmä poskytovania zdravotnej starostlivosti.
V 11 prípadoch ministerstvo adresovalo sťažnosti orgánom činným v trestnom konaní, z toho päť pre podozrenie z poberania úplatkov, päť voči poskytovaniu zdravotnej starostlivosti a jedna sťažnosť sa týkala hospodárenia (skresľovanie hospodárskej a obchodnej evidencie).
