Prvá fáza kliešťovej encefalitídy sa prejaví podobne ako chrípka, v druhom štádiu môže vírus preniknúť do centrálnej nervovej sústavy, čo sa prejaví vysokými horúčkami, poruchami vedomia. Hoci je možné aj úplné uzdravenie, trvalé následky sa prejavujú ako obrna, chronické bolesti hlavy s poruchami schopnosti sústredenia, zníženou výkonnosťou či depresiami. V jednom až dvoch percentách dochádza k úmrtiu pacienta.
Očkovanie je možné. Očkovacie dávky sú tri a podávajú sa s časovým odstupom. Zaočkovanie by malo chrániť tri roky. Kto chcel byť odolný proti nákaze tento rok, mal sa dať zaočkovať už v novembri.