Šešelj si chcel pred Medzinárodným tribunálom pre bývalú Juhosláviu v Haagu vynútiť, aby sa mohol obhajovať sám. Súd na jeho podmienku pristúpil. Zdravotný stav obžalovaného bol podľa lekárov kritický a hrozila mu smrť. Šešelj je považovaný za jedného z iniciátorov viacerých etnických čistiek na území bývalej Juhoslávie .