V takmer každej krajine zmobilizovali z bezpečnostných dôvodov príslušníkov polície aj armády a do posledného okamžiku tajili presné trasy, kadiaľ pápež pôjde.
Aj tak musel Ján Pavol II. zrušiť v roku 1979 návštevu Severného Írska. Mesiac pred jeho plánovaným príchodom tam spáchali atentát na lorda Louisa Mountbattena.
Rovnako zrušil návštevu Sarajeva počas balkánskej vojny v roku 1994. Keď tam zavítal po vojne, na ceste, ktorou mal prejsť, našli nastraženú nálož.
Jánovi Pavlovi II. hrozili údajne útoky zo strany islamských militantných kruhov aj počas jeho ázijskej cesty.
Nebezpečenstvo mu však hrozilo aj tam, kde by to najmenej čakal. V roku 1982 sa stal terčom útoku v portugalskom pútnickom svätostánku Fátime, keď na neho zaútočil španielsky kňaz.
Priamo na námestí Svätého Petra v Ríme spáchal na Jána Pavla II. atentát turecký fanatik Ali Agca. Okolnosti tohto útoku sú dodnes nejasné.
Atentátu čelil aj predchodca Jána Pavla II. Pavol VI.. Na letisku vo filipínskej Manile unikol v roku 1970 len tesne útoku bolívijského maliara.
