Pravdepodobne tretí najsilnejší muž hitlerovského Nemecka prišiel do Prahy s jasným poslaním - pritlačiť Čechov k zemi, vypracovať plán germanizácie, vyriešiť židovskú otázku a pevne zabezpečiť zázemie na presun armád na východný front. Inteligentný človek bez škrupúľ, ale dostatočne servilný k Hitlerovi, bol na túto úlohu ako stvorený. Ostatní nacistickí pohlavári ho nenávideli a mali pred ním rešpekt, v intrigách bol totiž majstrom. Otvorene si proti nemu netrúfol vystúpiť nik, dokonca ani Bormann či Himmler, ktorý sa po atentáte vraj zaslúžil, aby sa nevyliečil zo zranení. Reinhard Heydrich sa šéfom protektorátu Čechy a Morava stal 27. septembra 1941 - pred 65. rokmi.

Hitler vymenoval predstaviteľa hlavného ríšskeho bezpečnostného úradu SS obergruppenführera a generála polície Reinharda Heydricha za zastupujúceho ríšskeho protektora najmä preto, že sa osvedčil v okupovanom Holandsku, a predchádzajúci protektor von Neurath nebol v Čechách dosť razantný. Hrozil tam masový odpor proti protektorátu. Nestačilo zavrieť české vysoké školy, zatvoriť predstaviteľov odbojných organizácií, ani niekoľko popráv.

Situáciu nemohli nacisti tolerovať. Okrem toho stále hľadali agenta pod menom Franta, ktorý pracoval pre československú kontrarozviedku v Londýne. Jeho informácie boli dôležité už pri prepadnutí Poľska a mali pre spojencov strategický význam.

Stanné právo, ktoré Heydrich vyhlásil hneď po príchode, odboj tvrdo zasiahol. Zatknutý bol aj predseda protektorátnej vlády generál Eliáš. Kolaborácia sa vysoko odmeňovala.

Prvé štyri mesiace nového protektora priniesli 500 rozsudkov smrti, transporty 5-tisíc ľudí do koncentračných táborov, vzniklo terezínske geto. Najväčším úspechom bolo zatknutie Paula Thümela, agenta A-54 alebo Frantu, ktorý bol rezidentom nemeckej vojenskej výzvednej služby - abwehru - v Prahe a mal tak dokonalé krytie. Sám Heydrich napísal Bormannovi, že bol „pravdepodobne najlepším agentom českej spravodajskej služby“. Odboj stratil aj spravodajcu kapitána Morávka, ktorý sa zastrelil, aby sa nedostal do rúk gestapa.

„40 až 60 percent obyvateľov protektorátu môže byť germanizovaných,“ tvrdil Heydrich. Ostatní mali byť vysťahovaní, alebo fyzicky zlikvidovaní. Tajný výklad svojej predstavy o Čechách a Morave predniesol na porade necelý týždeň po svojom príchode a neskôr ho dopĺňal.

Londýnska vláda vycvičila skupinu parašutistov, ktorí mali začať novú vlnu odporu. Československý odboj bol rozdvojený - komunisti chceli zároveň paralizovať vplyv Benešovej vlády a naopak. Preto bola príprava skupiny Antropoid mimoriadne utajená. Rotmajstra Jozefa Gabčíka a Jána Kubiša poverili atentátom na „kata českého národa“, zatiaľ čo ostatní členovia spočiatku ani nevedeli, podporu akého cieľa zabezpečujú.

Dodnes sa diskutuje, či bol atentát dôkladne pripravený, a najmä, či vláda domyslela jeho dôsledky. Krvavý kúpeľ, ktorý pripravil K. H. Frank po atentáte, prišiel neuveriteľne rýchlo. Ukázal dokonalosť hitlerovskej mašinérie. Je však pravdepodobné, že ak by Heydrich žil, počty obetí by boli omnoho vyššie. Atentát mal za následok stovky mŕtvych, a odboj sa utlmil na minimum, plány protektora však hovorili o 40 percentách zbytočných Čechov.

Raneného Heydricha previezli do nemocnice okolo pol jedenástej 27. mája 1942. Gabčík zámerne udrel deň pred odletom protektora do Berlína. Hovorilo sa, že pôjde do Paríža organizovať svoje „germanizačné plány“. Bolo možné, že unikne, a preto parašutisti konali urýchlene.

Posledné známe Heydrichove slová, potom ako ho zasiahol výbuch, zneli: „Zastreľ toho hajzla,“ - myslel Gabčíka, ktorý postrelil jeho vodiča a ušiel. O pol dvanástej sa o atentáte dozvedeli Hitler a Himmler. O trištvrte na jednu mal Frank presné inštrukcie ako postupovať. Známy je osud dedín Lidice a Ležáky, popravy vyvrcholili neskôr dokonca na podnet vdovy Liny Heydrichovej zastrelením ďalších 252 ľudí v Mauthausene.