Sídlo SIS. FOTO - ARCHÍV
Odpočúvanie SME a Ruska (2002/2003)
Traja príslušníci SIS sú obžalovaní, že nezabránili nelegálnemu odpočúvaniu denníka SME a Pavla Ruska. Súd na prvom stupni ich oslobodil, krajský súd to vrátil na došetrenie. Celá kauza vyvolala vážnu koaličnú krízu. V SIS šéfoval odpočúvaniu človek, ktorý tam pracoval ešte za Lexu a bol spolupracovníkom ŠtB.
Peter Tóth šéfom kontrarozviedky (2003)
Počas kauzy nelegálneho odpočúvania obvinil prokurátor bývalého novinára Petra Tótha, že anonymne médiám faxoval nepravdivé informácie o ministrovi vnútra Vladimírovi Palkovi. Riaditeľ SIS Mitro vymenoval Tótha za šéfa kontrarozviedky. Keď sa to dozvedelo KDH, žiadalo odvolanie ako Tótha, tak aj Mitra z funkcie. Riaditeľom sa stal Pittner.
Skupinka (2003)
SIS poskytla premiérovi informácie, že na Slovensku existuje "skupinka", ktorá škodí štátu. Malo ísť o nebezpečnú lobistickú skupinu, ktorá prostredníctvom riaditeľa NBÚ Jána Mojžiša dostáva najdôležitejšie zákazky v bezpečnostnej oblasti. Vláda odvolala Mojžiša z funkcie. Pre kauzu odišli z SDKÚ viacerí poslanci na čele s Ivanom Šimkom. Generálny prokurátor vyhlásil, že žiadna skupinka neexistuje.
SIS a VOS (rok 2003)
Operatívci SIS ešte pred Mojžišovým odvolaním požiadali operatívcov VOS o informácie o Jánovi Mojžišovi, lebo "má byť odvolaný". VOS spoluprácu odmietla a nahlásila to parlamentným výborom. SIS najprv hovorila, že o ničom nevie, potom, že pracovníci SIS konali na vlastnú päsť a nakoniec, že išlo o plánovanú operáciu. Člen výboru na kontrolu SIS Peter Muránsky vtedy povedal, že vedenie SIS by malo odstúpiť: "Niekoľkokrát sme vo výbore boli svedkami, keď riaditeľ SIS Pittner vždy iným spôsobom interpretoval, čo sa v SIS dialo."
Informovanie o agentoch ŠtB (rok 2005)
Denník SME informoval, že previerku NBÚ získali aj ľudia, ktorí spolupracovali s ŠtB. A to tak, že SIS, keď ešte vlastnila zväzky ŠtB, posielala NBÚ informácie, že osoba nespolupracovala s ŠtB, aj keď mala založený zväzok, ktorý spoluprácu naznačoval. Problém bol v tom, že SIS vyhodnocovala spisy inak, ako by ich vyhodnocoval NBÚ. K celej kauze zasadol aj výbor na kontrolu SIS, vyvodená zodpovednosť voči nikomu nebola.
Sledovanie Simona (rok 2004/2005)
SMK obvinila SIS, že sa nadmieru venuje jej ministrovi Zsoltovi Simonovi. Predseda strany Béla Bugár žiadal aj odvolanie hovorcu SIS, keď informoval o korupcii pri prideľovaní agrodotácií. Hovorca tiež podľa Bugára klamal, keď tvrdil, že SIS Simona nemonitoruje. Bugár tvrdí, že má správy, ktoré hovoria o opaku.
Devín banka (rok 2005)
Polícia ešte stále vyšetruje, či SIS nemohla zabrániť vražde jedného z bielych koní v kauze Devín banky - Antona Bujňáka. Toho zastrelili v auguste 2002. Polícii sa totiž prihlásil príslušník SIS, ktorý riadil agenta nasadeného na prípad a vypovedal, že o pripravovanej vražde vedel a odovzdal o tom informácie svojim nadriadeným.
Kováčová (rok 2006)
Manželka šéfa kontrarozviedky Dana A. na Špeciálnom súde vyzvedala informácie o kauze Bielik. Médiá neskôr zverejnili, že v čase, keď bola v SIS, bola zároveň v SNS. Prípad stále preveruje prokuratúra.