"Na Slovensku musia platiť slovenské právne predpisy. Nemôže byť ani len náznak, že by sme vykladali naše právo podľa iného právneho poriadku a toto hrozí," povedal. Podľa Miššíka štát nezasahuje do činnosti cirkví a naopak, ale táto zmluva by mohla byť krokom k tomu, že by sa to zmenilo.
Zmluva vraj dáva obrovský rozsah možností uplatňovať výhradu svedomia v pracovnoprávnych a iných vzťahoch. Pokiaľ by sa riadili len zmluvou, a nie na základe konkrétnych zákonov, spôsobilo to právny chaos, myslí si Miššík.
Za problém považuje aj to, že zmluva nie je vypovedateľná, čo nebýva obvyklé pri medzinárodných zmluvách. Miššík tvrdí, že zmluva sa nemá prijať iba preto, aby sa naplnil nejaký politický cieľ, ale aby vyhovovala všetkým občanom Slovenska.