Niekoľko hodín po tom, čo anonym upozornil rakúsku políciu, že v Hainburgu sa nachádza syn slovenského prezidenta Michala Kováča, bolo jasné, že za hranice sa dostal násilím. Prvý, kto o tom zapochyboval a vyrukoval s verziou samoúnosu, bol vtedajší premiér Vladimír Mečiar. Stalo sa to 5. septembra v relácii STV Pressclub. Nepriamo tým reagoval na vyhlásenia prvého vyšetrovateľa prípadu Jaroslava Šimuniča, ktorý otvorene naznačil, že únoscov treba hľadať v SIS. Vyšetrovateľa k tomu priviedlo zistenie, že Kováča ml. sledovali vo Svätom Jure, kde býval, dôstojníci tajnej služby.
Za neštandardný postup bol Šimunič z prípadu odvolaný. Vystriedal ho Peter Vačok. Počas niekoľkých týždňov práce na prípade zhromaždil dosť dôkazov na to, aby obvinil príslušníkov tajnej služby - Jiřího N. a Igora M. Ani jedno obvinenie mu však neprešlo cez dozorového prokurátora Vlachovského. Nestačila mu ani výpoveď korunného svedka únosu dôstojníka SIS Oskara Fegyveresa a ďalších svedkov, ktorých sa páchatelia pokúsili zastrašiť.
Vačok bol z prípadu odvolaný v októbri 1995 - zadovážil totiž dôkazy, ktoré svedčili proti SIS. Spolu s ním boli "odídení" aj ďalší vysokí policajní dôstojníci - Jozef Šátek a Vladimír Lamačka. Z tých čias pochádza aj rozhovor medzi ministrom vnútra Ľudovítom Hudekom a raditeľom SIS Lexom o zbavení sa nepohodlných vyšetrovateľov.
Po Vačokovi kauzu únos pridelili Stredoslovákovi majorovi Čížovi. Dosadený policajt nič nevypátral, nikoho neobvinil a prípad nakoniec uložil.
Keď Ivana Lexu vystriedal po voľbách roku 1998 Vladimír Mitro, v správe o činnosti SIS napísal: "Boli zistené a preukázané viaceré skutočnosti, svedčiace o tom, že SIS sa podieľala na viacerých aktivitách zameraných proti prezidentovi M. Kováčovi. V tomto rámci za mimoriadne závažný a vysoko spoločensky nebezpečný čin možno považovať účasť SIS na únose prezidentovho syna Michala Kováča ml. do zahraničia."
Ešte predtým sa účasť slovenského štátneho orgánu na násilnom zavlečení Kováča mladšieho do cudziny stala rozhodujúcou skutočnosťou, pre ktorú proti nemu rakúske úrady neuplatnili medzinárodný zatykač a pustili ho na slobodu.
Zatknutie syna malo byť nátlakom na odstúpenie otca z čela štátu, usudzujú mnohí pozorovatelia. Rakúsky súd svojím verdiktom tak plán únoscom prekazil.
Zatykač na Kováča juniora vystavili nemecké orgány. Michal Kováč ml. sa mal spolu s ďalšími dopustiť podvodu proti spoločnosti Technopol. Trvalo ďalších niekoľko rokov, kým ich súd v Mníchove zbavil obvinenia.
Oponu za zavlečením Michala Kováča ml. spustil nakoniec Mečiar. V závere svojho funkčného obdobia, keď sa zhostil právomocí prezidenta, amnestoval neodhalených páchateľov. Jeho rozhodnutia sú dodnes platné a bránia vyšetrovaniu.
Neuzavretá je aj "vražda pre výstrahu" spojky svedka Fegyveresa. Po tom, čo Roberta Remiáša na jar roku 1996 zabila časovaná nálož v jeho aute a vyšli najavo snahy manipulovať objasnenie skutku, sa neprijateľnosť Mečiarovho režimu pre Západ spečatila.
Ako sa radiliTelefonický rozhovor ministra vnútra Ľudovíta Hudeka a riaditeľa SIS Ivana Lexu pred odvolaním vyšetrovateľa Petra Vačoka na jeseň 1995.
Lexa: Servus, Ľudovít.
Hudek: Servus Ivanko.
Lexa: Ku... do p..., tak som to nechal, ale som tu našiel nejaký odkaz.
Hudek: Chvalabohu, už to došlo.
Lexa: A čo došlo?
Hudek: Nóó, od susedov z toho bližšieho mestečka. Tri strany.
Lexa: Hej?
Hudek: No. Som bol aj za starým.
Lexa: Si mu to dal?
Hudek: No ukázal som mu, on si to prečítal.
Lexa: No lebo mi hovoril, vieš. Bol som s ním.
Hudek: No a však som mu aj povedal, že ako budeme postupovať ďalej.
Lexa: A dáme ešte tomu vyšetrovateľovi, hej?
Hudek: No však ten, toho kopneme do gúľ.
Lexa: Tak zajtra ho kopneš do gúľ?! Keď ho kopneš do gúľ, dám ti pusu na čelo. (smiech obaja)
Hudek: Ja si myslím, že to už je rozhodnuté. To som dneska dal pokyny, ako to má vyzerať.
Lexa: A spraví to tento prokurátor alebo ty?
Hudek: No tak je to, nie oni to vyberú. To je super. Že keď dvakrát spravil to isté...
Lexa: Jasné, jasné.
Hudek: Takže ráno by sa to malo odohrať..
Lexa: A toho krajského, toho odje... tiež, toho vieš, toho nášho?
Hudek: To postupne. Však to som im naznačoval, že ako toto, vieš no...
Lexa: Jasné.
Hudek: Ja si myslím, že teraz sa to dobre vyvíja.
Lexa: Dobre, toto je dobre. Čo?
Hudek: Ty, mám lepšiu náladu.
Lexa: Ku..a, aj ja mám lepšiu náladu. Mne to šéf hovoril, vieš?
Hudek: No, no. (Krátené)