Vznikla ešte v roku 1993. Za vlády Vladimíra Mečiara bola jej činnosť veľmi zahmlená, nik nevedel, komu z nej idú peniaze. Bývalý opozičný poslanec z čias Mečiarovej vlády Jaroslav Volf si spomína, že ani členovia hospodárskeho výboru nedostávali také informácie, hoci o ne stále žiadali.
Za prvej Dzurindovej vlády bol Volf predsedom výboru. "Schvaľovali sme cez výbor rozpočet agentúry, ale také sumy ako jeden a pol miliardy sme nikdy nikde neposúvali," hovorí. Sumy sa pohybovali do 10 miliónov. "Mne terajší presun jeden a pol miliardy pripadá ako posledná rýchla privatizácia za Mečiara,"
Ruskov predchodca v kresle ministra hospodárstva Robert Nemcsics bol tiež transakciou prekvapený. "Prvýkrát počujem, že niečo také sa dá urobiť. Je to absolútne neštandardné." Tvrdí, že je absurdné, aby akúkoľvek sumu poslali firme bez prerokovania správnou radou, lebo to potiera princíp národnej agentúry.
Nemcsics navyše tvrdí, že agentúra je zbytočná a liberáli z Ruskovej ANO, za ktorú Nemcsics kandidoval, mali vo svojom programe rušenie agentúr a fondov. "Agentúra podľa mňa nemá opodstatnenie, lebo robí len transferový servis. Samotný výkon aj tak robia pre agentúru privátne firmy, čo je nezmysel." (rf)