Ministerstvo podľa NKÚ v trinástich prípadoch, kde išlo o vyše 20 miliónov korún, porušilo zákon o rozpočtových pravidlách, keď "rozpočtové prostriedky neboli použité na krytie nevyhnutných potrieb pri zabezpečení maximálnej hospodárnosti a efektívnosti". V troch prípadoch zaplatilo za projektovú dokumentáciu, ale od projektu napokon ustúpilo. Napríklad od roku 1996 investovalo ministerstvo do výstavby svojej telocvične v Banskej Bystrici 13,9 milióna korún, výstavbu o rok neskôr prerušilo, a dnes uvažuje, že telocvičňu predá.
NKÚ vyčíta ministerstvu aj to, že nie vždy postupovalo v súlade so zákonom o verejnom obstarávaní a zákonom o správe majetku štátu. Ako príklad správa spomína, že zamestnanec Úradu hraničnej a cudzineckej polície nedodržal príkaz parkovať služobné vozidlo na obvodnom oddelení polície, zaparkoval pred domom a auto mu odtiaľ ukradli. Škodu 236 500 korún posúdila škodová komisia ako škodu bez zavinenia a bola zaúčtovaná na ťarchu organizácie.
Hovorca ministerstva Boris Ažaltovič hovorí, že kontrola dopadla v histórii rezortu ako jedna z najlepších. Ministerstvo vyvodí zodpovednosť voči pracovníkom, ktorí sa chýb dopustili. (sita)