Druhý skutok spočíva v tom, že Lexa ako riaditeľ SIS neoznámil orgánom činným v trestnom konaní odcudzenie sledovacieho auta Mercedes 208 D, ktorý bol použitý aj pri sledovaní M. Kováča ml. pred jeho zavlečením. J. Ivor uviedol, že tým "zmaril vykonanie vyšetrovacích úkonov zameraných na zistenie skutočného stavu vecí, odhalenie páchateľa a zabezpečenie vrátenia ukradnutého motorového vozidla majiteľovi". Lexa v tejto súvislosti vydal rozhodnutie o odložení odpísania škody 1 329 000 Sk na desať rokov a po ich uplynutí povolil škodu odpísať na vrub štátu, čím SIS spôsobil škodu vo výške 1 458 000 Sk. Tretí skutok, pre ktorý je I. Lexa podozrivý, je spojený s kauzou triptych Klaňanie sa troch kráľov, pretože schválil riaditeľovi II. sekcie vnútorného spravodajstva Jaroslavovi S. žiadosť o poskytnutie 200-tisíc dolárov z prostriedkov SIS, pričom vedel, že budú použité pri fingovanom nákupe obrazu prostredníctvom príslušníka SIS s krycím menom T. Grabner. "Následne schválil Jaroslavovi S. predložené vyúčtovanie zálohy zvláštnych finančných prostriedkov vo výške 6 miliónov korún, napriek vedomosti, že tieto prostriedky boli orgánmi činnými v trestnom konaní zaistené pre účely trestného konania," povedal Ivor. Vo štvrtom prípade ide o všeobecné ohrozenie, ku ktorému došlo uložením výbušnín do Športovej haly na Pasienkoch, kde prebiehal míting KDH. Tento prípad je známy aj ako kauza Skošnik, pričom I. Lexa odmietal dožiadania vyšetrovateľa na zbavenie povinnosti mlčanlivosti príslušníkov SIS pre potreby vyšetrovania tohto prípadu. Piatym prípadom je nezbavenie povinnosti mlčanlivosti príslušníka SIS Jozefa O., ktorý neoprávnene používal na súkromné účely služobné vozidlá. V šiestom prípade je Lexa podozrivý preto, lebo odmietol zbaviť povinnosti mlčanlivosti prezidenta M. Kováča, ktorý sa zo spisu SIS dozvedel, že tajná služba pôsobí proti jeho rodine a zamestnancom Kancelárie prezidenta SR. Generálna prokuratúra nemohla pokračovať pri preverovaní tohto prípadu, pretože Lexa nedal povolenie, aby jej prezident Kováč poskytol skutočnosti z uvedeného spisu. Ak súd uzná I. Lexu za vinného, hrozí mu trest od 5 do 12 rokov.