Vzhľadom na závažnosť trestného činu zavlečenia do cudziny bol poverený vyšetrovaním tohto prípadu Krajský úrad vyšetrovania Policajného zboru SR v Bratislave. Ako prvý bol vyšetrovaním tohto prípadu poverený Jaroslav Šimunič. Od začiatku narážal na prekážky, ktoré mu vo vyšetrovaní kládli vysokí funkcionári SIS. Už po niekoľkých dňoch vyšetrovania sa na verejnosť dostala informácia o tom, že autá, ktoré zablokovali cestu M. Kováčovi ml., patrili SIS a že na porady vyšetrovacieho tímu tohto prípadu chodieva aj vtedajší šéf kontrarozviedky SIS (neskôr vymenovaný za námestníka riaditeľa SIS) Jaroslav S. Po medializácii niektorých skutočností poukazujúcich na účasť SIS, jej techniky a pracovníkov na zavlečení bol vyšetrovateľ Šimunič z prípadu odvolaný.