O SIS: V riadení Ministerstva vnútra SR bol badateľný vplyv SIS. Osobitne sa to prejavovalo na riadení sekcie vyšetrovania a kriminalisticko-expertíznych činností a na riadení služby kriminálnej polície.
O politike: V činnosti Policajného zboru (PZ) dochádzalo k uplatňovaniu politického vplyvu na priebeh odhaľovania a vyšetrovania niektorých obzvlášť závažných trestných činov zasahujúceho do procesnej samostatnosti vyšetrovateľov. Činnosť PZ tak bola zneužívaná v záujme politických a mocenských cieľov. Dôsledkom sú viaceré nevyšetrené prípady závažnej trestnej činnosti, resp. podozrenia z nej, odvolanie z funkcií viacerých odborníkov najmä na úseku vyšetrovania, ktoré viedlo v mnohých prípadoch až k odchodu postihnutých zo služobného pomeru.
O reorganizácii: Reorganizácia PZ, ktorá sa uskutočnila v nadväznosti na zmeny územného a správneho usporiadania SR a bola realizovaná bez vytvorenia adekvátnych personálnych a ekonomických podmienok, sa prejavila v sťažení potrebných podmienok pre výkon služby PZ. Nárast počtu útvarov PZ nebolo možné personálne plnohodnotne pokryť z existujúcich počtov policajtov, čo sa prejavilo i v tom, že neboli vytvorené podmienky pre vznik plnohodnotných a rovnorodých štruktúr, najmä na stupni okresu. Problémy sprevádzali personálne a materiálno-technické budovanie nových okresných riaditeľstiev PZ. Nedoriešené zostávajú priestorové podmienky pre umiestnenie útvarov PZ. Reorganizácia v prvej etape ohrozila efektívnu činnosť úradov vyšetrovania PZ.
O organizovanom zločine: Znefunkčnené boli už vytvorené štruktúry centralizovaného riadenia boja s organizovaným zločinom. Dovtedajšie kompetencie Prezídia PZ v boji proti organizovanému zločinu sa reorganizáciou pracovísk boja s organizovaným zločinom, resp. ich včlenením do krajských štruktúr výrazne oslabili.
O prezidentovi PZ: Novelou zákona č. 171/1993 Z. z. o Policajnom zbore z roku 1997, ktorou boli zo zákona vypustené niektoré ustanovenia o riadení a organizácii PZ, stratil prezident PZ oporu v zákonnom a jednoznačnom vymedzení svojich kompetencií. Zo zákona bolo vypustené ustanovenie, podľa ktorého prezidenta PZ vymenúvala a odvolávala vláda na návrh ministra vnútra. Personálna pôsobnosť prezidenta PZ bola oslabená zverením práva vymenúvať a odvolávať krajských a okresných riaditeľov ministrovi vnútra a štátnemu tajomníkovi MV SR.
O strate samostatnosti: Negatívne možno hodnotiť stratu personálnej a ekonomickej samostatnosti Prezídia PZ a sekcie vyšetrovania a kriminalisticko-expertíznych činností, ku ktorej prišlo k 31. 12. 1996. Takéto riešenie prinieslo vznik problémov a nedostatkov vo finančnom a materiálno-technickom zabezpečení útvarov PZ vrátane úradov vyšetrovania PZ.
O agentoch: Napriek tomu, že už v rámci noviel trestnoprávnych predpisov a policajného zákona boli prijaté inštitúty, ktoré vytvárali predpoklady pre vyššiu účinnosť boja s organizovaným zločinom, ich uplatňovanie bolo iba minimálne. Vykonávali sa iba čiastkové, no nie systémové opatrenia. Ide konkrétne o inštitúty policajného agenta, kriminálneho spravodajstva, kontroly dodávky a ochrany svedka.
O špinavých peniazoch: Zdĺhavo bola pripravovaná novela zákona o boji proti legalizácii príjmov z najzávažnejšej, najmä organizovanej trestnej činnosti. Vyhláška o podozrivých bankových operáciách, vypracovanie ktorej vyplývalo z citovaného zákona, bola prijatá až v roku 1997. Oneskorovalo sa tým i zriadenie finančného spravodajstva a tým aj vytvorenie účinného nástroja práce finančnej polície.
