Ján Čarnogurský v decembri 1998 rozhodol o decentralizácii súdov, keď presunul navrhovanie kandidátov na predsedov súdov na sudcovské rady, sudcovské kolégiá a Združenie sudcov Slovenska. Členská sudcovská základňa sa hlasovaním vo väčšine prípadov uzniesla na potvrdení predsedov súdov vymenovaných exministrom J. Liščákom, ktorý v čase svojho pôsobenia v rezorte označil sudcov za "frackov blbých ako tágo". Pri niektorých menách sa však Celorepubliková rada Združenia sudcov Slovenska (CR ZSS) nezhoduje s návrhom sudcovských kolégií a rád. CR ZSS napríklad v Žiline a Prešove navrhuje iných predsedov krajských a okresných súdov. Minister má však možnosť rozhodnúť o ktoromkoľvek z troch predložených návrhov. J. Čarnogurský v tejto súvislosti pre SME povedal, že bude zohľadňovať aj odôvodnenia, ktoré ku svojim návrhom pripojilo ZSS a takisto bude zvažovať aj výsledky svojich konzultácií v justičných kruhoch. Na margo prípadného vymenovania JUDr. Daniela Hudáka za predsedu Krajského súdu v Žiline, na ktorom sa ZSS nezhodlo s kolégiami, pretože sa angažoval v petičnej akcii SNS za znovuzavedenie trestu smrti, J. Čarnogurský povedal: "Vopred nebudem nič hovoriť. Môžem iba zopakovať sľub, že vymenujem iba kandidátov pochádzajúcich zo sudcovských kruhov, teda z hlasovania kolégií sudcov, rád a ZSS." Na otázku SME, či sa nadstranícky predseda súdu môže vyjadrovať k spomenutej otázke, J. Čarnogurský skonštatoval: "Samozrejme, že môže. Je platným občanom SR. Na sudcu sa však kladú určité etické požiadavky, ktoré sa inak nekladú na radových občanov."