Expremiér V. Mečiar po prevzatí niektorých prezidentských právomocí vydal dve amnestie. V prvej z 3. 3. 1998 o. i. zakázal viesť trestné stíhanie proti páchateľom únosu M. Kováča ml. a zmarenia referenda. V druhej amnestii zo 7. 7. 1998 opravil články predchádzajúcej amnestie týkajúce sa týchto skutkov tak, že zakázal viesť nielen trestné stíhanie, ale aj vyšetrovanie oboch káuz. M. Dzurinda 8. 12. 1998 rozhodol, že z oboch amnestií sa vypúšťajú články týkajúce sa únosu aj zmareného referenda.

3. 3. 1998: Článok V: Nariaďujem, aby sa nezačínalo, a ak sa začalo, aby sa zastavilo trestné stíhanie za trestné činy spáchané v súvislosti s prípravou a vykonaním referenda z 23. mája a 24. mája 1997.

Článok VI: Nariaďujem, aby sa nezačínalo, a ak sa začalo, aby sa zastavilo trestné stíhanie za trestné činy spáchané v súvislosti s oznámením o zavlečení M. Kováča ml. do cudziny.

7. 7. 1998: Článok I: Nariaďujem, aby sa nezačínalo, a ak sa začalo, aby sa zastavilo trestné konanie pre podozrenie z trestných činov, ktoré mali byť spáchané v súvislosti s prípravou a vykonaním referenda z 23. mája a 24. mája 1997.

Článok II: Nariaďujem, aby sa nezačínalo, a ak sa začalo, aby sa zastavilo trestné konanie pre podozrenie z trestných činov, ktoré mali byť spáchané v súvislosti s oznámeným zavlečením Ing. M. Kováča, narodeného 5. decembra 1961, do cudziny, ku ktorému malo dôjsť 31. augusta 1995.

8. 12. 1998: Premiér M. Dzurinda podpísal rozhodnutie, ktorým sa vypúšťajú z oboch amnestií vyššie citované články.