Po verejnej diskusii na túto tému vydal V. Mečiar 7. júla 1998 ďalšie rozhodnutie, ktorým upravil predchádzajúcu amnestiu. Nariadil v nej, "aby sa nezačínalo, a ak sa začalo, aby sa zastavilo trestné konanie pre podozrenie z trestných činov, ktoré mali byť spáchané v súvislosti s oznámeným zavlečením M. Kováča ml. do cudziny". Opravená amnestia znemožnila policajným orgánom nielen stíhať, ale aj odhaliť páchateľov trestného činu zavlečenia do cudziny, ako aj trestných činov s tým suvisiacich. Do podozrenia sa v tejto súvislosti dostali aj pracovníci Slovenskej informačnej služby vrátane jej vedúcich funkcionárov.