SA dostali 19. 12. 1998 od MDPT osvedčenie leteckého prevádzkovateľa a povolenie na vykonávanie leteckej dopravy, hoci nespĺňali podmienky leteckého dopravcu, napríklad nevlastnili nijaké lietadlo.
O rok neskôr 20. 9. 1997 im MDPT opäť vydalo pod nátlakom nové povolenie, napriek tomu, že SA znova nesplnili požadované podmienky.
Štatút národného dopravcu sa vytvoril mimo MDPT, kompetentným na ministerstve sa predložil až s veľkým časovým posunom. Štatút je v rozpore s obchodným zákonníkom, zákonom o ochrane hospodárskej súťaže a verejnom obstarávaní.
Tri lietadlá, ktoré SA doviezli po deblokácii pohľadávok SR voči Rusku, získali do prenájmu bez výberového konania a používali ich bez preukázania účinných nájomných zmlúv.
Napriek tomu, že štát vložil do SA 34 mil. Sk, ministerstvu sa ešte donedávna nepreukázalo, kto sú ďalší vlastníci tejto spoločnosti a v akom pomere. Navyše ide o akcie na doručiteľa.
Sekcia predložila v júni 1997 podrobnú analýzu celej problematiky SA kolégiu ministra, navrhnuté riešenia sa však neakceptovali a problémy sa kumulovali ďalej.
Slovenských aerolínií k výhradám sekcie civilného letectva:
SA sa podarilo doviezť tri lietadlá z deblokácie dlhu Ruska, kde má SR už roky umŕtvené prostriedky.
Postup na získanie osvedčenia leteckého prevádzkovateľa je z hľadiska slovenskej legislatívy pre začínajúcu leteckú spoločnosť nesplniteľný (osvedčenie nemožno dostať bez lietadiel a lietadlá nemožno doviezť bez osvedčenia), preto na získanie osvedčenia SA potrebovali výnimku, aj ju od MDPT dočasne dostali, aby sa mohla spoločnosť zaregistrovať.
Vlastníci spoločnosti, o ktorých MDPT hovorí, že nevie, kto sú, sú zakotvení v zápisnici zo 7. valného zhromaždenia (24. 3. 1998). Tento stav sa dodnes nezmenil.
Nájomné zmluvy medzi štátom a dopravcom sú na všetky tri lietadlá - zmluvy sú datované 18. 6., 19. 6. a 21. 9. podľa toho, ako boli dovážané do SR. Podpísali ich bývalí ministri Maxon a Jasovský. V zmluvách je uvedené, že na splácanie nájomného za lietadlá majú SA 3 roky odklad, že SA sa minimálne 6 rokov zaväzujú ich prevádzkovať, pričom nájomné v ďalších rokoch (po dobu životnosti lietadiel) sa zvyšuje o hodnotu odložených troch ročných splátok.
Akcie SA sú na doručiteľa, na zasadnutí dozornej rady 12. 11. sa však účastníci uzniesli preklasifikovať ich na najbližšom VZ na akcie na meno.
