ou medzi ministrom obrany J. Sitekom a jeho štátnym tajomníkom J. Gajdošom. V konečnom dôsedku tento spor vyústil do odstúpenia náčelníka generálneho štábu genplk. J. Tuchyňu a vymenovania predstaviteľa HZDS plk. M. Mikluša za zjavne protizákonných podmienok. Výmena náčleníka GŠ bola navyše sprevádzaná množstvom obvinení a osočovaní na najvyšších postoch, kde slová ako korupcia a nekompetentnosť neboli žiadnou zriedkavosťou. Možnosť konfliktu vnútri koalície medzi HZDS a SNS sa napokon skončila totálnou porážkou SNS.
Napriek nepriaznivej atmosfére v politickom vedení rezortu obrany sa armáde podarilo dosiahnuť viacero dobrých výsledkov v príprave na vstup do NATO, v transformácii štruktúr armády, v odbornej a jazykovej príprave a na mnohých medzinárodných vojenských cvičeniach. Armáda úspešne zvládla prvú etapu transformácie, pri ktorej došlo k tabuľkovému usporiadaniu mierových počtov armády podľa Zmluvy o konvenčných ozbrojených silách. V prvej etape bola vytvorená aj pružnejšia a priehľadnejšia organizačná štruktúra armády, ktorá zodpovedá vyspelým demokratickým štátom. Druhá etapa transformácie armády bola pribrzdená najmä nedostatočným množstvom finančných prostriedkov. V jej rámci mali byť vytvorené podmienky na začatie postupnej profesionalizácie armády a dokončenie transformácie organizačných štruktúr.
