Ústavný súd SR (ÚS SR) zostal po neobsadení postu hlavy štátu jedinou štátnou inštitúciou, ktorá v praxi presadzuje úvodný článok slovenskej ústavy - Slovenská republika je právny štát. Vládna koalícia HZDS, SNS a ZRS, ktorá ovláda parlament, výkonnú moc a môže personálne zasahovať aj do zloženia tzv. všeobecných súdov, zatiaľ nemá na sudcov Ústavného súdu žiadny dosah. K výmene sudcu ÚS SR môže v zmysle ústavy prísť iba v prípadoch, ak sa sudca svojej funkcie vzdá alebo je z nej prezidentom odvolaný. Prezident je povinný odvolať sudcu Ústavného súdu, ak ÚS SR oznámil, že sudca sa nezúčastňuje na konaní súdu dlhšie ako jeden rok alebo ak bol sudca súdnym rozhodnutím pozbavený spôsobilosti na právne úkony. Prezident môže odvolať sudcu ÚS SR na základe odsudzujúceho právoplatného rozsudku pre úmyselný trestný čin a na základe disciplinárneho rozhodnutia ÚS SR pre čin, ktorý je nezlučiteľný s výkonom funkcie sudcu ÚS SR. Ústavný súd začal svoju činnosť 17. marca 1993 a v jeho doterajšom konaní mu možno, na rozdiel od vlády či parlamentu, vyčítať iba minimum prešľapov. Podľa viacerých pozorovateľov sa najväčšieho z nich Ústavný súd dopustil pri výklade ústavy o referende, keď vyložil aj zákon o spôsobe vykonania referenda, hoci tento zákon na súde nebol napadnutý. Napriek zreteľným vyjadreniam jeho sudcov, že referendum sa musí vykonať, vládna koalícia chybu ÚS SR zneužila a ľudové hlasovanie v máji minulého roka zmarila. Priamo to uznal aj premiér Mečiar, ktorý po prevzatí prezidentských právomocí rozhodol v tejto súvislosti o udelení amnestie. Medzi najzávažnejšie rozhodnutia ÚS SR patria tie, v ktorých konštatoval, že štátne orgány porušili ústavné práva občanov. Najznámejšie sú prípady M. Kováča ml., ktorého práva porušilo ministerstvo zahraničných vecí, práva F. Gauliedera, E. Spišáka i P. Ďuračku porušil parlament a ústavné práva Š. Hrčku a I. Šimka porušilo ministerstvo vnútra.