Pápež Ján Pavol II. zasadol na Petrov stolec v čase, keď už bola katolícka cirkev silne poznačená udalosťami 20. storočia - dvoma svetovými vojnami, technickým a vedeckým pokrokom, hlbokými spoločenskými zmenami. Tradičná zbožnosť slabla, veriacich ubúdalo najmä v tradičných katolíckych krajinách vo vyspelom svete.
Cirkev sa snažila nájsť odpoveď na otázku o svojej úlohe v modernom svete a prvú odpoveď dal II. vatikánsky koncil, ktorý zvolal pápež Ján XIII. v roku 1962. Koncil si vytýčil za cieľ obnovu cirkvi, priblíženie evanjelia súčasnému človeku.
Zrušila sa latinčina ako bohoslužobný jazyk, zjednodušili sa mnohé obrady, cirkev zaujala nový postoj voči iným náboženstvám a k boju za ľudské práva.
Pápež Ján Pavol II. sa po celý čas snažil presadzovať myšlienky koncilu. V priebehu rokov vydal osobitné encykliky o postavení ženy, o úlohe laikov. Zasadzoval sa v boji za ľudské práva, pri každej príležitosti odsudzoval násilie a nespravodlivosť.
Prelomové boli jeho ekumenické aktivity. V roku 1986 sa v talianskom Assisi - na pozvanie Jána Pavla II. - vedľa seba modlili 63 zástupcovia takmer všetkých svetových náboženstiev za mier. Pápež sa snažil napraviť najväčšie chyby, ktoré katolícka cirkev spôsobila v minulosti. Ospravedlnil sa židom a protestantom, snažil sa o dialóg s pravoslávnymi a moslimami. Ospravedlnil sa aj za upálenie Jana Husa a Giordana Bruna.
Zároveň však bol svojimi kritikmi označovaný za jedného z najkonzervatívnejších pápežov, dokonca za "zradcu" myšlienok Druhého vatikánskeho koncilu.
Najčastejšie sa mu vyčítal jeho konzervatívny postoj k sväteniu žien do kňazského stavu, celibátu, homosexuálnym partnerstvám a otázkam sexuality. Pápež odsudzoval interrupcie a právo na slobodnú voľbu ženy, umelú antikoncepciu aj kondómy, napriek hrozivému šíreniu AIDS v Afrike a Latinskej Amerike.
"Namiesto otvorenosti voči modernému svetu ustavične počuť obvinenia, ponosy a lamentácie nad údajnou asimiláciou a posilňujú sa tradičné formy zbožnosti, napríklad marianizmus. Namiesto dialógu sa posilňuje inkvizícia a odmieta sa sloboda svedomia a učenia v cirkvi. Namiesto ekumenizmu sa znova kladie dôraz na všetko, čo je prísne rímskokatolícke," napísal jeho známy kritik, nemecký teológ Hans Küng.
Túžbou Jána Pavla II. bolo priviesť cirkev do tretieho tisícročia, čo sa mu aj podarilo - Milénium privítal vyhlásením Svätého roku. Jeho nástupca to bude mať veľmi ťažké. Otázkou zostáva najmä postoj cirkvi v otázkach morálky - či bude pokračovať v ceste, ktorú presadzoval Ján Pavol II., alebo ustúpi čoraz silnejšiemu tlaku aj z vlastných radov a pripustí zmeny.
