2. Ak sa gény, ktoré zvyšujú odolnosť proti škodcom, dostanú do buriny, vznikne superburina, ak sa škodcovia stanú rezistentnými, vzniknú superškodcovia, problémy budú mať prirodzene hospodáriaci farmári. Odolnosť proti škodcom môže spôsobiť ich vyhynutie, čo by ohrozilo prirodzený potravinový reťazec v prírode.

3. Vyššie použitie hnojív ohrozuje spodnú vodu.

4. Doteraz sa krížili príbuzné rastliny, nevkladali sa do nich gény napríklad z rýb.

5. Výrobcovia nenakŕmia hladujúcich, iba naplnia svoje vrecká. Bežne farmári sejú to, čo ušetrili z predošlej úrody. Geneticky modifikované osivá si však firmy dávajú patentovať a vkladajú do nich gén, ktorý spôsobuje sterilitu. Nové osivo teda treba stále kupovať.

6. Niektoré geneticky modifikované organizmy, napríklad kukurica s génom z baktérie, znižujú účinnosť antibiotika ampic.