Najväčším otrasom vo vládnej koalícii bolo hlasovanie v NR SR o vyslovení nedôvery predsedovi vlády M. Dzurindovi 13. apríla. Hlasovanie iniciovali opoziční poslanci, pridali sa však k nim piati poslanci SDĽ na čele s predsedom NR SR Jozefom Migašom a nezávislý poslanec Robert Fico. Migaš sa vo svojom prejave vyslovil za rekonštrukciu vlády a zmenu štýlu vládnutia, v pozadí jeho konania však bolo v skutočnosti odvolanie generálneho riaditeľa Slovenských elektrární Štefana Košovana, za čo Migaš považoval za zodpovedného najmä premiéra Dzurindu. Predseda SDĽ za týmto krokom podľa dostupných informácií videl ohrozenie ekonomických záujmov kruhov prepojených s SDĽ – o priateľstve a blízkych záujmoch Migaša a vedenia Devín banky a Slovenských elektrární vyšlo najavo viacero zaujímavých súvislostí. Takisto aj o preferovaní Devín banky pri deblokáciách ruského dlhu, vývoze jadrového paliva a dostavbe tretieho a štvrtého bloku elektrárne v Mochovciach. Tento bezprecedentný krok J. Migaša značne rozkýval aj pomery vnútri SDĽ, kde sa postupne formuje názorová alternatíva viacerých poslancov a členov vlády, ministerka financií B. Schmögnerová dokonca uvažovala aj o podaní demisie. Migašovo hlasovanie znamenalo aj ohrozenie vnútropolitickej stability krajiny, čo bolo vzhľadom na integračné ambície Slovenska chápané ako nešťastný krok aj v zahraničí.
Ďalšie nezhody v koalícii sú spojené s novelou ústavy, kde sa vyhrotili vzťahy najmä medzi SDĽ a SMK o vyriešenie vlastníctva či správy neidentifikovateľnej pôdy. SMK svoju podporu ústave podmienila aj vyriešením charty menšinových a regionálnych jazykov, vyučovaním učiteľov maďarskej národnosti na univerzite v Nitre a vytvorením tzv. komárňanskej župy, v ktorej by mali občania maďarskej národnosti väčšinové zastúpenie. Kým problém charty sa koncom roka podarilo vyriešiť, razantný odpor slovenských koaličných strán voči tzv. komárňanskej župe sa zrejme SMK nepodarí prelomiť. Z toho hľadiska je preto veľmi otázne, či sa podarí koaličným poslancom prijať novelu ústavy.
Posledným výrazným sporom bola otázka nahradenia ministra obrany Pavla Kanisa – pôvodného kandidáta SDĽ Jozefa Tuchyňu odmietol aj predseda vlády M. Dzurinda aj prezident R. Schuster. Nomináciu veľvyslanca SR v Čechách Jozefa Stanka už koaliční partneri akceptovali. (rk)