Najznámejšie boli spory okolo prevezenia pozostatkov Kolomana Geraldiniho a Stanislava Mečiara, ktorí sa spájali s tzv. ľudáckou emigráciou v Argentíne. V súčasnosti pracuje pri meste komisia, ktorá má podobným sporným bodom predchádzať.
Matica slovenská prišla o správu Národného cintorína po prijatí tzv. knižničného zákona v roku 2000. Predstavitelia Matice to v tom čase označili za protiprávny čin. Cintorín prešiel do správy Slovenskej národnej knižnice, v súčasnosti je jeho vlastníkom mesto Martin.
„Vytvorenie takejto komisie môže byť pri takomto neľahkom posudzovaní osobností prínosom a môže zabrániť chybám z minulosti,“ myslí si člen Rady národnej kultúry v Martine Igor Thurzo. Za najväčšie prešľapy označil prevezenie pozostatkov Kolomana Geraldiniho a plánovaný prevoz pozostatkov Stanislava Mečiara, ku ktorému neprišlo.
Právnik, novinár a predstaviteľ Matice slovenskej Geraldini bol často kritizovaný, že pôsobil aj ako okresný veliteľ Hlinkovej gardy a člen Tisovej prezidentskej stráže. Proti umiestneniu jeho pozostatkov na Národný cintorín protestovali v roku 1997 predovšetkým predstavitelia Slovenského zväzu protifašistických bojovníkov. Napriek protestom telesné pozostatky Geraldiniho, ktorý zomrel v Argentíne v roku 1994, do Martina priviezli.
Plánoval sa aj prevoz pozostatkov literárneho kritika a historika Stanislava Mečiara, ktorému sa tiež pripisovala gardistická minulosť. „V súčasnosti niečo také nie je možné, lebo v komisii sú zástupcovia mesta, Slovenskej národnej knižnice a Matice slovenskej,“ povedal nám jej člen Alexander Zacharides. Pripúšťa, že hlavne medzi členmi komisie z Matice slovenskej a Slovenskej národnej knižnice sa niekedy objavia názorové rozdiely, ale zatiaľ sa vždy dokázali dohodnúť.
Snahou komisie je, aby na Národnom cintoríne ukladali pozostatky takých osobností, ktoré boli v histórii Slovenska prínosom a ich minulosť nemožno označiť ako spornú. Komisia pre správu Národného cintorína sa vyjadruje k žiadostiam o pridelenie miesta, ale aj k prevezeniu významných osobností na Národný cintorín. Organizačný poriadok cintorína schvaľuje mestské zastupiteľstvo.
