Najodvážnejšie reformy - tolerančný patent a zrušenie nevoľníctva - sú vrcholom jeho snahy zmeniť feudálnu nepružnú habsburskú ríšu na modernejšiu spoločnosť, aj keď si sám nahováral, že len lieči neduhy vo svojich krajinách. Roku 1781 vošiel do platnosti jeho tolerančný patent. Odvtedy uplynulo 225 rokov.

Historická neznášanlivosť medzi katolíkmi a protestantmi rozdeľovala spoločnosť tak dômyselne, že vlastne išlo o skryté pokračovanie tridsaťročnej vojny vnútri krajiny. Tajná občianska vojna brzdila akýkoľvek rozvoj spoločnosti.

O komunikácii sa nedalo hovoriť, existovali len uzavreté komunity a pokus o ich otvorenie sa rovnal smrteľnému hriechu. Nariadenie o tolerancii vyšlo zhora od mladého cisára, ktorý pochopil, že zmier dobrovoľne nenastane.

Jozef II. vlastne zrušil občanov druhej kategórie podľa náboženského vyznania. Protestantské - teda augsburské a helvétske - a aj pravoslávne vyznanie sa stalo v Rakúsko-Uhorsku legálnym aj podľa svetského práva.

Veriaci sa mohli k vyznaniu slobodne hlásiť, mohli stavať svoje kostoly - ale bez veží. Zakázala sa diskriminácia v cechoch, protestanti mohli zastávať verejné úrady a funkcie a štát tak mohol využiť ich schopnosti. Mohli vlastniť majetok, získať meštianske právo. V štáte už neprebiehala náboženská ideologizácia, skončila sa stredoveká nadvláda rímskej cirkvi.

Cisár oficiálne nezrušil práva katolíckej cirkvi, ktorá sa automaticky pokladala za nadštátnu - univerzálnu a tým aj podľa dlhoročnej praxe stála nad panovníkom. Obnovil však „placetum regium“, zákaz čítať pápežské buly v kostoloch bez povolenia panovníka, čím dal najavo, že cisár určuje aj náboženské pravidlá katolíckej cirkvi v ríši. Výchovu klerikov sústredil do štátnych generálnych seminárov, čo znamenalo prvé kontakty cirkví prostredníctvom mladých seminaristov.

Tak vznikol aj generálny seminár na Bratislavskom hrade, kde sa začala formovať moderná slovenská inteligencia a jazyk.

Jeho vášnivý boj s prežitkami - náboženskými relikviami a povrchnou nádherou - donútil pápeža Pia VI. osobne prísť do Viedne. Pokúsil sa cisárovi dohovoriť. Márne - cisár bol za prostotu kostolov aj obradov, dokonca určoval, koľko sviečok môže v kostole horieť.

Posmech si za boj s cirkvou vyslúžil od rivala usilujúceho sa o nadvládu v strednej Európe. Pruský kráľ Fridrich II. ho posmešne nazval „kostolníkom“.

Rušenie reholí vyvolalo nezamestnanosť stoviek mníchov a mníšok, ktorí sa museli vrátiť k svetskému životu, čo najmä pre rozjímajúce a žobravé rehole bolo ťažké.

Tolerančný a nevoľnícky patent prežili aj Jozefove osobné zlyhania a ťažké depresie, najmä po smrti manželky Izabely Parmskej a smrti potomkov. Vyvolal odpor šľachty a duchovenstva ku všetkým zmenám, najmä tým najradikálnejším, ale lavína sa už uvoľnila.

Nezastavila ju ani dominantná cirkev, ani šľachta. Tá síce cirkev nemilovala, lebo v nej videla konkurenta, ale cirkevná podpora v spore s nevoľníkmi jej prišla vhod.

Odvahu oficiálne zrušiť cisárove reformy nemal nik, robilo sa len všetko pre to, aby sa pribrzdili. Dokonca ani Leopold II., cisárov brat a nástupca, to neurobil, hoci mal k reformám veľký odpor. Jozef II. sám ku koncu života niektoré reformy odvolal, a­však tie zásadné sa pomaly, ale predsa presadzovali.

Prílišná rýchlosť, s akou chcel meniť zápecnícku spoločnosť, skôr spôsobila jeho osobnú tragédiu ako návrat do starých pomerov. Jozef II. nepochopil, že zmeny nastanú, ale on sa ich nedožije. Na svoj náhrobok si vraj chcel dať vyryť nápis: Tu leží Jozef, ktorý mnoho chcel a ktorému sa nič nepodarilo.

Nebola by to pravda, budúcnosť ukázala, že aj keď sa možno ponáhľal, dobu pochopil lepšie ako všetci zapecníci vzácne spojení proti reformám. Čas mu dal za pravdu.