Príroda nepozná monokultúry, ale len zmiešané rastlinné spoločenstvá, preto môžeme aj v ekozáhradke kombinovať zeleninu, ovocné rastliny, vinič, zemiaky, aromatické i liečivé rastliny s kvetinami a inými okrasnými rastlinami. Jednotlivé druhy sa pri vhodnej kombinácii vzájomne podporujú a chránia pred nadmerným napadnutím chorobami a škodcami. Začínajúci záhradkár sa musí rozhodnúť, aký typ záhradky a s akou druhovou štruktúrou si chce vybudovať. Ostatní pestovatelia by sa mali zamyslieť nad tým, či im existujúca druhová, odrodová a veková štruktúra, ako aj zdravotný stav ovocných drevín vyhovuje, či nie je potrebná postupná rekonštrukcia záhradky.
V zeleninovej časti záhradky možno urobiť zmenu druhovej a odrodovej štruktúry každý rok, a to podľa zásad správneho striedania rastlín v osevnom postupe a v osevných sledoch pri dodržaní alelopatie, teda vzájomnej znášanlivosti rastlín.
Problematickejšia je rekonštrukcia ovocnej časti záhrady, kde pestujeme ovocné dreviny s dlhšou životnosťou. Veľká časť ovocných záhrad na Slovensku je už stará. Najmä mnohé záhradky v záhradkárskych osadách sú zanedbané, prehustené a napadnuté nebezpečnými škodcami. Často majú nevhodnú odrodovú štruktúru, niekedy privysoké ovocné stromy, ktoré zaberajú značnú plochu. Takéto záhrady treba postupne zrekonštruovať tak, aby obmena nespôsobila podstatnejší pokles produkcie ovocia.
Pri rekonštrukcii najprv odstránime staré a choré stromy aj s koreňmi. Zdravé staršie dreviny s nevhodnou odrodovou štruktúrou prevrúbľujeme odrodami odolnými alebo aspoň tolerantnými proti závažným chorobám a mrazuvzdornejšími odrodami.
Po odstránení nevhodných stromov treba dôsledne pripraviť voľnú časť záhradky na novú výsadbu. Zohľadňujeme pritom pôdno-klimatické podmienky a odrodovú rajonizáciu, pričom zvolíme odrody odolné alebo aspoň tolerantné proti závažným chorobám, vyhovujúce opeľovacím podmienkam, ako aj potrebe rodiny na zásobenie ovocím. Pri rekonštrukcii uprednostníme nižšie tvary stromov na vhodných podpníkoch a užšie spony výsadby (najmä tvar štíhleho vretena a zákrpkov) s väčším počtom jedincov na jednotku plochy.
