Podľa uznesenia vlády by sa už napríklad nemalo stávať, že je projekt vyradený pre formalitu. Komisia by mala jeho predkladateľa upozorniť a dať mu desať dní na nápravu. Rovnako by sa nemali meniť podmienky prekladania projektov potom, ako ministerstvá zverejnia výzvu na predkladanie žiadostí. Zatiaľ sa to však nedodržiava. Juraj Kerekeš zo Združenia miest a obcí Slovenska hovorí, že podmienky sa menia a "ten, čo podal žiadosť skôr, je v nevýhode oproti tomu, čo žiadosť ešte len podá. Samosprávy nemajú čas sledovať pravidelne, či sa niečo vo výzve na predkladanie žiadosti náhodou nezmenilo, potom sa stáva, že je žiadosť odmietnutá pri formálnom posudzovaní". Nemyslí si, že zmeny sa robia úmyselne, hoci je to možné.
Na netransparentnosť rozdeľovania peňazí z fondov už dlho upozorňuje aj Centrum pre podporu miestneho aktivizmu. Ministerstvá však nereagovali. Juraj Zamkovský z centra hovorí, že "ministerstvá, ktoré boli do rozdeľovania peňazí zaangažované, si samy pre seba vytvárali pravidlá, my sme chceli proces otvoriť pripomienkovaniu". Zareagovalo iba ministerstvo spravodlivosti a odbor boja proti korupcii, ktoré pripravili prieskum a neskôr definíciu konfliktu záujmov pre členov komisií.
Vo všetkých rozhodovacích procesoch súvisiacich s prerozdeľovaním fondov únie, treba podľa neho dbať, aby u zainteresovaných nedochádzalo ku konfliktu verejných a súkromných záujmov.
Okrem toho by mali rezorty dodržiavať aj princíp partnerstva, teda tretina členov komisií by mala byť zo štátnej správy, tretina zo samosprávy a tretina z iných inštitúcii, napríklad z mimovládnych organizácií. Kerekeš hovorí, že sa stáva to, že "samospráva nie je oslovená a iba dodatočne sa dozvie, že je zriadená hodnotiaca komisia".
(haj)
