Na začiatku júla 1945 bolo zrejmé, že Japonsko je porazené. Z jeho loďstva a letectva zostali trosky. Američania dobyli ostrovy Iwodžima a Okinawa, ktoré boli považované za kľúč k samotným Japonským ostrovom. Spojenecké velenie začalo plánovať vylodenie na materskom území Japoncov. Prvá invázia na ostrov Kjúšú malaa začať 1. novembra.
Problém je, že byť porazený a uznať svoju porážku a vyvodiť z toho patričné dôsledky sú dve rôzne veci. Japonsku vládla armáda, ktorá bola pevne rozhodnutá radšej zničiť národ, ako pripustiť potupu kapitulácie. Armáda vládla v mene cisára, ten však mal na politiku minimálny vplyv a dostával iba skreslené informácie.
Druhý problém bol, že podobne ako v prípade Nemecka nestačilo ani v Japonsku poraziť jeden štát či národ. Bolo treba poraziť zločineckú ideológiu. Japonský militarizmus bol spojený s presvedčením o rasovej nadradenosti a bol rovnako nebezpečný ako nacizmus.
Aj preto spojenci odmietli neurčité ponuky Japoncov na rokovanie o mieri, ktorého súčasťou malo byť zachovanie vládneho systému a božského postavenia cisára. Práve služba cisárovi slúžila na ospravedlnenie japonských výbojov aj zverstiev spáchaných na dobytých územiach.
Skúsenosti z bojov s Japoncami Američanmi hlboko otriasli. Na Okinawe mali 49-tisíc mŕtvych a zranených. V boji však padlo viac ako 90 percent pôvodne 110-tisíc japonských obrancov. Mnohí z nich v nezmyselných hromadných útokoch, keď sa z nedostatku munície vrhali na Američanov s palicami v rukách. Zomrelo alebo bolo zranených aj viac ako 40-tisíc okinawských civilistov.
Na Japonských ostrovoch sa na inváziu pripravovalo viac ako dva milióny vojakov. Armáda pripravila tisíce lietadiel a člnov naložených výbušninou na samovražedné útoky. Milióny Japoncov vrátane žien a detí cvičili, aby sa na Američanov vrhali s nožmi a lukmi či tyčami s výbušninou na konci.
Väčšina amerických politikov, vojakov, ale aj verejnosti bola ochotná podporiť akékoľvek riešenie, ktoré by vojnu skrátilo a zabránilo ďalším stratám v boji s fanatickým nepriateľom. Dňa 16. júla 1945 vybuchla v Novom Mexiku prvá pokusná atómová bomba nazývaná Trinity (Svätá trojica). Americký prezident Harry Truman a britský premiér Winston Churchill vyzvali o desať dní neskôr v Postupimskej deklarácii Japonsko na bezpodmienečnú kapituláciu. Žiadali potrestanie vojnových zločincov a demokratizáciu krajiny a zároveň Japonsko varovali pred zničením.
"Vláda nenašla na deklarácii nič dôležité a nezostáva jej, než ju úplne ignorovať a rozhodným spôsobom bojovať za úspešné ukončenie vojny," znela odpoveď japonského premiéra Suzukiho.
A tak 2. augusta vydal Truman rozkaz použiť bombu. Do poslednej chvíle panovali pochybnosti, ako ju použiť. Mnohí navrhovali, aby ju nechali vybuchnúť na neobývanom ostrove alebo vo výške desiatich kilometrov nad Tokijským zálivom. Je však pochybné, či by takáto demonštrácia japonskú armádu presvedčila.
Na prvé použitie bomby zvažovali päť miest. Pre Hirošimu nakoniec rozhodlo počasie a správy, že sa v meste nenachádzajú americkí zajatci.
Dva dni pred zhodením bomby varovali Američania obyvateľov miest zhadzovaním letákov pred chystaným útokom. Bolo to však dosť iluzórne úsilie. Ak by niekto varovanie bral vážne, pokus odísť z mesta by sa mohol hodnotiť ako prejav porazenectva a potrestať smrťou.
Japonci najskôr ani po výbuchu neverili, že Američania naozaj použili jadrovú zbraň. Potvrdili im to až merania rádioaktivity priamo na mieste. Armáda však stále odmietala brať hrozbu vážne. Keďže na ďalšie výzvy na kapituláciu Japonci nereagovali, zhodili o tri dni neskôr druhú bombu na Nagasaki. V rovnaký deň sa do vojny zapojil Sovietsky zväz.
Ešte tú noc prišiel cisár Hirohito na zasadanie vlády a informoval ministrov, že súhlasí s prijatím deklarácie, inak vraj hrozí zničenie japonského národa. 15. augusta cisár v rozhlase prvý raz prehovoril k svojmu ľudu a aj keď sa samotnému slovu úzkostlivo vyhýbal, oznámil mu japonskú kapituláciu. Vojaci sa jej do poslednej chvíle snažili zabrániť a zajali posla, ktorý viezol nahrávku prejavu do rozhlasu. Našťastie, počítalo sa s tým a prejav dopravil iný posol, ktorého vyslali tajne súbežne s prvým.
Použitie atómovej bomby je právom dodnes jedným z najdiskutovanejších rozhodnutí druhej svetovej vojny. Paradoxne je však veľmi pravdepodobné, že jej nasadenie zachránilo viac životov, než koľko zmarilo, a to v prvom rade práve životy Japoncov.