V marci 1994 sa ako sympatizant SDĽ stal ministrom hospodárstva vo vláde Jozefa Moravčíka. Po zistení, že je evidovaný ako tajný spolupracovník ŠtB, minister spoluprácu priznal, ale tvrdil, že „išlo o spoluprácu na odbornej úrovni, ktorá vychádzala z postavenia riaditeľa vtedy strategických Považských strojární“. Viaceré redakcie neskôr získali kópiu jeho písomného vyhlásenia, ktorým sa zaviazal k spolupráci. Vyplynulo z neho, že sa spolupracovníkom ŠtB stal už v roku 1972, teda predtým, než obsadil funkciu riaditeľa. Zo správy, ktorú o ňom vypracoval okresný náčelník ŠtB, tiež vyplýva, že úloha, ktorú vtedy prijal, bola jednoznačná: prinášať informácie o konkrétnej osobe z jeho blízkeho okolia.
Po voľbách v roku 1994 iba dvaja ministri SDĽ prejavili záujem o ďalšie pôsobenie vo vláde premiéra Mečiara - Pavel Koncoš a Peter Magvaši. Minister Magvaši až 6. novembra 1994 dementoval svoje vyjadrenie z 27. októbra 1994, keď pre TASR povedal, že „nevylučuje svoju účasť vo vláde HZDS, ak mu bude ponúknutá“.
Ak by SDĽ prijala svoju etickú chartu na začiatku dnešného funkčného obdobia, minister Magvaši by musel podľa nej odstúpiť z funkcie, lebo pred dvoma rokmi poskytol interview pre TV Markíza v podnapitom stave, ktorý je podľa etickej charty SDĽ neprípustný pre člena strany, ak vystupuje v úlohe ústavného činiteľa.
