Anton Hrnko bol členom Slovenskej národnej strany (SNS), z ktorej spolu s Ľudovítom Černákom odišiel a založili Národno-demokratickú stranu (NDS). Neskôr vstúpil do Demokratickej únie (DU), po voľbách v roku 1994 sa stal poslancom parlamentu za túto stranu. Na začiatku roku 1997 z DU vystúpil a pôsobil v parlamente ako nezávislý poslanec. Ešte v tom istom roku ho vtedajší minister kultúry Ivan Hudec (HZDS) vymenoval do funkcie generálneho riaditeľa Národného pamiatkového a krajinného centra v Bratislave. Vlani v novembri ho nový minister kultúry Milan Kňažko odvolal spolu s ďalšími ľuďmi podliehajúcimi ministerstvu kultúry, ktorých dosadil do funkcií Ivan Hudec. Neskôr začal Anton Hrnko pracovať v historickom ústave a tento rok na ministerstve obrany.