Ústavný zákon č. 9/1999 Z.z., ktorý v januári schválila NR SR, ustanovil, že prezidenta republiky volia občania a zmenil i doplnil jeho ústavné právomoci. Prezident tak ako bol aj zostal hlavou štátu, ktorá reprezentuje republiku navonok i dovnútra a svojím rozhodovaním zabezpečuje riadny chod ústavných orgánov. Úrad vykonáva podľa svojho svedomia a presvedčenia a nie je viazaný príkazmi. Viaceré ustanovenia ústavného zákona však zásadne zmenili postavenie a právomoci prezidenta.
Vo vzťahu k NR SR hlava štátu stratila oprávnenie vracať do parlamentu na opätovné prerokovanie ústavné zákony - táto kompetencia bola totiž v rozpore so zmyslom a obsahom zastupiteľskej demokracie. Prezidentovo postavenie však posilnil článok, podľa ktorého na opätovné schválenie ním vráteného zákona je potrebný súhlas nadpolovičnej väčšiny všetkých poslancov NR SR. K významnej zmene došlo v oprávnení prezidenta rozpustiť parlament. V minulosti tak mohol urobiť iba počas šiestich mesiacov po voľbách, a to vtedy, ak NR SR tri razy po sebe neschválila programové vyhlásenie vlády. Teraz môže prezident rozpustiť NR SR počas celej dĺžky jej funkčného obdobia - no len v prípade, keď parlament stratí schopnosť plniť svoje ústavné úlohy. Napríklad vtedy, ak do šiestich mesiacov od vymenovania vlády neschváli jej programové vyhlásenie, ak sa do troch mesiacov neuznesie na vládnom návrhu zákona, s ktorým vláda spojila vyslovenie dôvery, ak bude dlhšie ako tri mesiace neschopný uznášania. Prezident stratil oprávnenie byť kedykoľvek prítomný na schôdzach parlamentu, ale zostala mu možnosť predstupovať pred NR SR pri podávaní správy o stave republiky a podávaní správ o závažných politických otázkach.
Vo vzťahu k vláde SR stratil prezident oprávnenie zúčastňovať sa na schôdzach vlády a predsedať im - táto právomoc bola nielen nesystémová, ale zasahovala aj do ústavného postavenia predsedu vlády. Jej uplatnenie mohlo vyvolať vznik závažného ústavného konfliktu. V novej úprave má hlava štátu právo vyžadovať od vlády a od jej členov informácie potrebné na plnenie svojich úloh. Keďže nová ústavná úprava právomocí prezidenta akcentovala skutočnosť, že za svoju činnosť sa politicky nezodpovedá parlamentu, novým spôsobom sa vyriešil problém zodpovednosti za rozhodnutia hlavy štátu, ktoré prijíma pri plnení svojich ústavných kompetencií. V duchu európskej tradície sa politická zodpovednosť za rozhodnutia prezidenta prenáša na členov vlády - realizuje sa formou spolupodpisovania (kontrasignácie): Rozhodnutia prezidenta, ktorými prijíma a poveruje vyslancov, ktorými vyhlasuje amnestiu (nie milosť), ktoré vydáva ako hlavný veliteľ ozbrojených síl, sú platné, ak ich podpíše predseda vlády SR alebo príslušný minister. Kontrasignácia zabezpečuje spoluzodpovednosť vlády za rozhodnutia prezidenta, ktorých realizácia predpokladá spoluprácu a súčinnosť medzi hlavou štátu a výkonnou mocou.
Ústavný zákon, prijatý v januári 1999, spresnil aj ústavné vzťahy medzi prezidentom a predsedom vlády. Na rozdiel od minulosti je hlava štátu povinná rešpektovať návrhy premiéra na vymenovanie a odvolanie členov vlády. V porovnaní s predchádzajúcim stavom teda ide o zásadnú zmenu. Počas výkonu svojej funkcie prezident môže byť braný na zodpovednosť iba za úmyselné porušenie ústavy a za vlastizradu. V oboch prípadoch o podaní žaloby na neho môže rozhodnúť len NR SR, a to trojpätinovou väčšinou hlasov všetkých poslancov. Rozhoduje o nej Ústavný súd SR - jeho odsudzujúce rozhodnutie znamená nielen stratu funkcie prezidenta, ale aj spôsobilosti túto funkciu v budúcnosti opätovne získať. Nová ústavná úprava, na rozdiel od minulej, obsahuje aj právo prezidenta vzdať sa svojho úradu - abdikácia musí mať písomnú formu. Funkčné obdobie prezidenta sa končí jej doručením do rúk predsedu Ústavného súdu. (ml)
