V čase jeho riaditeľovania v SIS v roku 1995 bola slovenská tajná služba Krajinským súdom vo Viedni nepriamo obvinená z únosu M. Kováča ml. do Rakúska. Súd vtedy operoval termínom "štátna inštitúcia". Minister spravodlivosti Ján Čarnogurský na otázku SME, či má Lexa právo sedieť v poslaneckej lavici, odpovedal: "Ako minister spravodlivosti musím povedať, že má právo, pretože zákon mu to umožňuje, ale ako občan hovorím, že morálne právo na to nemá." Pripustil, že považuje za "veľmi pravdepodobné", že sa jeho rezort bude Ivanom Lexom počas jeho funkčného obdobia "zaoberať". Predseda Mandátového a imunitného výboru NR SR Viliam Sopko (SDĽ) na našu otázku, či sa bude situáciou I. Lexu zaoberať aj jeho výbor, odpovedal, že v prípade, že taký podnet z orgánov činných v trestnom konaní dostane, tak "určite", pričom poznamenal, že počíta s ťažkou prácou uvedeného výboru v nasledujúcom období, a to "zrejme aj takého charakteru, ako ste uviedli". Podľa podpredsedu HZDS Sergeja Kozlíka však musí byť uplatňovaná skutočnosť, že I. Lexa má v súčasnosti mandát poslanca. "Pričom aj u neho platí prezumpcia neviny," povedal pre SME. Podľa V. Palka je však "skutočnosť, že pán Ivan Lexa sa dopustil zločinu, notoricky známa", podobne ako to, že má politických ochrancov. Ignorovanie Lexovej osoby, "ktoré možno zatiaľ v parlamente pozorovať zo strany ostatných poslancov", označil Palko za "momentálne najsprávnejšiu polohu, ako sa k Lexovi až do otvorenia vyšetrovania trestného činu postaviť".