Zo 149 prevzatých hlasovacích lístkov bolo 19 lístkov neplatných. Protikandidátom J. Migaša bol poslanec P. Brňák (HZDS), ktorého podporilo 47 poslancov a proti bolo 80 poslancov. Mečiarovo HZDS ignorovalo ponuku opozície na obsadenie predsedníckych postov v šiestich parlamentných výboroch. Ešte pred ustanovujúcou schôdzou predseda SNS J. Slota avizoval, že v prípade nezáujmu ponúknuté posty obsadia poslanci jeho strany. Poslanci HZDS tvrdili, že strany novej koalície porušili svoje predvolebné sľuby o rešpektovaní pomerného zastúpenia v parlamentných orgánoch, pretože neakceptovali ich požiadavku na zvolenie P. Brňáka za šéfa NR SR. "Porazení vo voľbách sa zjednotili, aby získali, čo chcú," vyhlásil poslanec HZDS J. Cuper. Strany novej koalície SDK, SDĽ, SMK a SOP disponujú v parlamente ústavnou väčšinou 93 poslancov. Poslanec SDK F. Mikloško 79 hlasov pre J. Migaša komentoval slovami, že "zvyšné hlasy sa pravdepodobne stratili" v dôsledku neplatných hlasovacích lístkov. "Neberiem to ako politický signál. Od overovateľov máme informácie, že najmä noví poslanci sa zrejme nezorientovali v spôsobe hlasovania. Vyjadrili síce svoju podporu pánovi Migašovi, ale nezakrúžkovali žiadnu z možností pri druhom kandidátovi pánovi Brňákovi, čo podľa volebného poriadku znamená neplatný hlasovací lístok," povedal SME poslanec SDĽ M. Ftáčnik (SDĽ). Nový predseda parlamentu vyhlásil, že sa nebude riadiť filozofiou víťaz berie všetko. "Takáto filozofia blokuje pluralitu a vymazáva výsledky volieb. Zasadzujem sa o to, aby sme po voľbách odolali pokušeniu robiť politiku revanšu. Skúsme preseknúť bludný kruh politiky oko za oko, zub za zub," povedal Migaš. Pred voľbou podpredsedov parlamentu poslanci HZDS opustili rokovaciu sieň. J. Migaš po tomto počine opozičného HZDS navštívil poslanecký klub, aby sa opýtal na dôvody tohto ich kroku a následne sa im ospravedlnil za to, že "v tej trme-vrme" nezaregistroval žiadosť o procedurálny návrh, s ktorých chcel vystúpiť predseda poslaneckého klubu HZDS T. Cabaj.
Za predsedu mandátového a imunitného výboru poslanci zvolili V. Sopka (SDĽ). Predsedom výboru pre nezlučiteľnosť funkcií štátnych funkcionárov sa stal M. Kotian (SNS). Pôvodne malo kreslo predsedu tohto výboru patriť HZDS. Kandidáta na tento post však nenavrhlo.
Krátko po začiatku schôdze zložili poslanci ústavou predpísaný sľub. Na neuplatňované mandáty poslancov, ktorí vykonávajú vládne funkcie, nastúpili náhradníci. Platne zvolení poslanci V. Mečiar (HZDS) a P. Dvorský (SOP) sa svojich funkcií zriekli. Za V. Mečiara nastúpil I. Lexa a za P. Dvorského D. Kovačič.
