„Pri rozvíjaní právneho štátu bude vláda pokračovať v dobudovávaní nášho právneho poriadku na princípoch demokracie a humanizmu. Bude dbať o to, aby sa rešpektovala zvrchovanosť zákona a aby všetky orgány štátnej správy náležite vykonávali právne predpisy, uplatňovali svoje právomoci len zákonnými metódami a konali, len čo im zákon dovoľuje. V záujme toho zdokonalí kontrolný systém v rámci štátnej správy.“
Prípady spravodajskej provokácie s kriminálnou zápletkou proti biskupovi R. Balážovi, únos prezidentovho syna či vražda R. Remiáša dokumentujú, že SIS ako štátny orgán sa protizákonne podieľala na aktivitách, ktoré nespadajú do jej kompetencie. Ani kontrolný systém v štátnej správe nefungoval tak, ako si to vláda predstavovala. Keď chcel napríklad prokurátor M. Barila vzniesť obvinenie proti ministrovi vnútra G. Krajčimu za zmarenie referenda, jeho nadriadený T. Šumichrast mu to nedovolil a rozhodol v prospech ministra.
„Vláda, reflektujúc želanie spoločnosti, očakáva od prokuratúry, že bude dôsledne uplatňovať všetky svoje zákonné oprávnenia na ochranu práv a zákonom chránených záujmov štátu, fyzických a právnických osôb. Predpokladáme, že prokurátori budú pružnejšie a nekompromisnejšie reagovať na prejavy nezákonnosti. Vláda pripraví rekodifikáciu právnej úpravy postavenia a úloh prokuratúry tak, aby v nadväznosti na rekodifikáciu trestného práva procesného prispela k zvýšeniu podielu na plynulom a spravodlivom fungovaní systému trestnej justície a na ochrane občanov.“
Nový zákon o prokuratúre nezmenil monokratické usporiadanie prokuratúry, ktoré umožňuje politické manipulovanie vyšetrovania, ako to bolo napríklad v kauze únosu mladého Kováča. Pomocou princípu monokracie sa vláde podarilo zamedziť, aby prokurátori „pružnejšie a nekompromisnejšie“ reagovali na prejavy nezákonnosti v procese privatizácie či v pôsobení SIS.
„Vláda bude hľadať účinné prostriedky a cesty potláčania kriminality. Riešenie uvedených problémov sa podmieňuje aj vytvorením optimálnej organizačnej štruktúry orgánov polície na úrovni centra i regiónov, s presným určením ich kompetencií a osobnej zodpovednosti riadiacich pracovníkov.“
Reštrukturalizácia polície podľa princípu územnosprávneho členenia vytvorila iba nové administratívne hranice a neposilnila výkon polície. Minister vnútra G. Krajči pozbavil policajné prezídium právnej subjektivity a znefunkčnil útvary polície, ktoré centrálne riadili boj proti organizovanému zločinu. Verejnosť sa stala svedkom toho, ako si podsvetie pred jej očami krvavo vybavovalo svoje účty a minister Krajči vojnu medzi gangami označil za výsledok operatívnej činnosti polície. Viacerí bossovia podsvetia mali styky s predstaviteľmi vlády a tajnej služby. Sama vláda pri hodnotení stavu organizovaného zločinu pripustila úsilie kriminálnych živlov o preniknutie do štruktúr štátu.
„Vláda pripraví a bude dôsledne presadzovať komplexný program čistých rúk. V tomto smere je nevyhnutné eliminovať korupciu, ako aj všetky formy nestatočného nadobúdania majetku, nech sa ho dopúšťa ktokoľvek. V prvom rade pôjde o zvýšenie morálky a disciplíny, o bezúhonnosť a nepodplatiteľnosť v štátnych orgánoch.“
Doteraz nie je známy ani jeden prípad, v ktorom by bol štátny úradník postavený pred súd a odsúdený za korupciu alebo inú formu nestatočného nadobúdania majetku. Kauzy ako napríklad nelegálny vývoz obilia, predaj Bane Záhorie či znižovanie prepravných taríf na železniciach pre VSŽ neboli doteraz vyšetrené a potrestané.
