Tertium Millenium, ktorý vydáva osobitný výbor pre oslavu Veľkého jubilea roku dvetisíc uviedol, že v najbližších mesiacoch pápež uskutoční akt vysokej symbolickej hodnoty, v ktorom požiada o odpustenie za previnenia cirkvi. Taliansky kazateľ Girolamo Savonarola (1415 až 1498), ale aj Čech Jan Hus (1369 až 1415), ktorí zahynuli na hranici počas inkvizície, by mohli byť na základe plánovaného pápežského aktu rehabilitovaní. Komisia rádu dominikánov, ku ktorým patril Savonarola, už pred časom začala proces jeho blahorečenia na úrovni arcidiecézy. Aj českí biskupi študujú obdobie umučenia J. Husa a následného prenasledovania husitov. Vatikán vyzval všetky národné komisie biskupov poverené prípravou osláv Veľkého jubilea v roku 2000, aby zvážili akty pokánia v jednotlivých krajinách, ku ktorým by boli vyzývaní veriaci počas Svätého roku. V januári 1998 predstavitelia vatikánskej Kongregácie pre vieroučné otázky oznámili, že otvoria historikom archívy Svätého ofícia najmä v spojitosti s činnosťou inkvizície od roku 1542. Bývalý veľvyslanec SR pri Svätej stolici, Dr. Anton Neuwirth v tejto súvislosti viackrát navrhoval využiť skutočnosť, že Ján Pavol II. sa pri poslednej návšteve Slovenska zastavil v Prešove aj pri pamätníku obetí tzv. Karafovho súdu a vyhlásiť ho za akýsi „deň zmierenia“, ak nie na medzinárodnej, tak aspoň na národnej úrovni. Jeho návrh sa však na Slovensku nestretol s veľkým pochopením.