Východný Timor tvorí časť ostrova Timor ležiaceho v Tichom oceáne asi 2500 km východne od indonézskeho hlavného mesta Djakarty. V 16. storočí zahrnuli ostrov do svojej záujmovej sféry Portugalci a krátko na to sa oň podelili s Holanďanmi. Zmluvy z rokov 1860 a 1914 stanovili hranice medzi obidvoma koloniálnymi veľmocami. Tento stav pretrval (s výnimkou japonskej okupácie počas 2. svetovej vojny) až do roku 1950, keď sa holandský Timor (15 800 km štvorcových) stal súčasťou Indonézie ako provincia Západná Nusa Tenggara. Východná časť ostrova (14 874 km štvorcových) zostala portugalskou kolóniou. Žilo tam asi 750 000 obyvateľov.
V roku 1975 sa pripravovalo referendum o budúcnosti územia. V politickej hre boli tri strany - Timorské ľudové demokratické združenie (APODETI), ktoré dávalo prednosť pripojeniu k Indonézii, Timorský demokratický zväz (UDT) a ľavicový Revolučný front pre nezávislý Východný Timor (Fretilin), podporovaný v tom čase Moskvou. Cieľom UDT a Fretilinu bolo vyhlásenie nezávislosti, s čím Indonézia nesúhlasila.
V auguste 1975 UDT začal povstanie proti Portugalcom. V krátkom čase vypukli boje medzi všetkými tromi hnutiami. Fretilin vyhlásil 28. novembra 1975 nezávislú Východoindickú demokratickú republiku. Indonézia vyhlásila, že je ohrozená jej západná časť ostrova a pod touto zámienkou vyslala 7. decembra 1975 do Východného Timoru armádu. Po ťažkých bojoch územie obsadili indonézske vojská a v roku 1976 bola vyhlásená za 27. provinciu Indonézie (Východná Musa Tenggara).
Tisíce prívržencov Fretilin internovali, partizánsky odboj však pokračoval. V roku 1981 armáda uskutočnila na ostrove čistku. Fretilin bol prakticky zničený, aj keď v malej miere pokračoval v aktivite. Podľa odhadov zahynula za indonézskej správy hladom a v dôsledku bojov jedna tretina obyvateľov, t. j. asi 200 000. Djakartská vláda stále udržiava na území asi 14 000 vojakov.
Východný Timor je málo rozvinuté územie s kávou ako jedinou významnou exportnou komoditou. Pestuje sa tu ryža, kukurica, čaj, kokosová palma, kaučukovník. Príjem na hlavu je 200 dolárov ročne (priemer v Indonézii 500 dolárov). Timorčania sa hlásia ku katolicizmu, islamu a budhizmu, udržiava sa však stále animizmus a staré zvyky.