Kňaz podľa Čarnogurského tvrdí, že nesúhlasil a ani nepodpísal žiadnu spoluprácu s ŠtB. Priznáva však, že podpísal záväzok mlčanlivosti. Čarnogurský je presvedčený, že zväzky ŠtB sú spochybniteľné a že ich spochybní aj súd. Ak Ústav pamäti národa tento spor prehrá, bude musieť podľa neho na svojej internetovej stránke zverejniť kňazovi ospravedlnenie. Podľa Čarnogurského ľudia, ktorí chcú dokázať svoju nevinu, teda, že nespolupracovali s ŠtB, musia žalovať Ústav pamäti národa, a nie eštebákov.
Čarnogurský za komunizmu zastupoval kňazov v sporoch, ktoré na nich pripravovala aj ŠtB. Predseda ústavu Ján Langoš ho v piatok obvinil z politickej zodpovednosti za skartáciu zväzkov ŠtB, keďže bol politickým nadriadeným námestníkovi ministra vnútra Alojzovi Lorencovi. Čarnogurský to poprel s tým, že informácie o skartáciách boli podľa neho nepravdivé.
Vo zväzkoch je ako agent aj Čarnogurského brat Ivan. (sita)
