Po spore pri odvolávaní dekana rímskokatolíckej fakulty Jozefa Kutarňu sa objavili rozpory aj v evanjelickej cirkvi a. v. Občianske združenie evanjelických duchovných verejne kritizovalo generálneho biskupa Júliusa Fila, že podpísal výzvu Ekumenickej rady cirkví, aby sa zväzky ŠtB sprístupňovali len tým, ktorých sa týkajú, a nie verejnosti. Podľa združenia sa o tom najskôr malo diskutovať v cirkvi, ono je naopak za lustrácie kandidátov na vysoké cirkevné posty.
"Stanovisko bolo odsúhlasené všetkými troma biskupmi našej cirkvi a prešli sme ho aj s generálnym dozorcom," odpovedá Filo. Hovorí, že mal mandát výzvu podpísať. "Viem, že existujú aj iné názory na naše stanovisko a treba nám znovu o nich v cirkvi hovoriť."
Ján Meňky, farár zo združenia, povedal, že približne zo 400 evanjelických duchovných je v združení asi 348. Problém cirkvi podľa neho je, že "sme si po roku 1989 neurobili poriadok". Nevylúčil, že aj vedenie v minulosti spolupracovalo s ŠtB.
"Nikdy som nedal súhlas, že budem agentom ŠtB," hovorí Filo. Jeho meno sa doteraz v žiadnych zverejnených zväzkoch neobjavilo. Priznal, že v minulosti bol v kontakte s predstaviteľmi štátu, čo mu povolili pôsobiť v rokoch 1985 - 1990 v Ženeve vo Svätom luteránskom zväze. "Pri svojej službe v zahraničí som sledoval iba záujmy cirkví," povedal.
Meňky obviňuje vedenie cirkvi, že sústreďuje moc vo svojich rukách a kritikom sa vyhráža, že ich prepustí zo svojich služieb. Filo obvinenia odmieta, ale priznáva, že Zákonník práce umožňuje dať farárovi výpoveď. "To je zodpovednosť nášho úradu, ktorý je viazaný uzneseniami grémií a zákonmi," hovorí.
"Je určite zaujímavá otázka, ako to vnímajú tí, ktorí sa k týmto cirkvám hlásia," hovorí Ján Juran z odboru cirkví na ministerstve kultúry. Aj v minulosti boli v cirkvách určité "línie" a "platformy", ale keď je "prevratná doba", tak sa veci urýchľujú. "Cirkev je súčasťou spoločnosti, a preto sa aj doba, v ktorej žijeme, v cirkvi odráža. Aj keď ideálny stav z pohľadu cirkvi by mal byť opačný, teda cirkev by mala pozitívne ovplyvňovať spoločnosť."
Problém u evanjelikov podľa neho vyriešia budúcoročné voľby v cirkvi, ktoré prinesú nové vedenie. V katolíckej cirkvi, kde voľby neexistujú a funkcie vo vedení sú doživotné, to podľa Jurana vyrieši až čas.
Negatívna prezentácia cirkví však podľa neho môže spôsobiť isté preskupovanie medzi veriacimi, ateistami a skupinou, ktorá pri poslednom sčítaní ľudu nevyplnila cirkevnú príslušnosť.
