Spor biskupa s dekanom riešila aj pražská teologická fakulta. Voľbu dekana Václava Wolfa vetoval už v roku 1993 kardinál Miroslav Vlk. Pod Wolfovým vedením sa škola dostala do "konzervatívnej izolácie".

Wolf odstúpil až po intervencii Kongregácie pre katolícku výchovu, no v roku 1999 ho senát napriek novému vetu opäť zvolil. Rektor Karlovej univerzity preto požiadal ministra, aby obmedzil právomoci fakulty.

Ministerstvo na podnet Akreditačnej komisie v roku 2002 odobralo fakulte akreditáciu. Českí biskupi vyzvali kardinála, aby odňal Wolfovi aj povolenie učiť, teda "kanonickú misiu". Kardinál to po dohode s Vatikánom urobil v roku 2002.

Na čelo fakulty sa dočasne postavil Mikuláš Lobkowicz, zmenil profesorský zbor, ktorý mal vekový priemer 80 rokov, a upravil študijné programy. Komisia potom opäť povolila fakulte prijímať študentov a udeľovať tituly. "Od čias druhého vatikánskeho koncilu na svete neexistovala vedecky taká zlá a k reforme z vlastnej vôle neschopná teologická fakulta ako pražská," tvrdil podľa českých Hospodárskych novín. Senát potom zvolil do čela profesora Ludwiga Armbrustera. (haj)