Jeseň je vhodným obdobím na použitie organických hnojív. Každý tretí až štvrtý rok hnojíme ovocniny a vinič orientačnou dávkou 400-600 kilogramov maštaľného hnoja alebo vitahumu, či vermikompostu, alebo 500-800 kilogramami záhradného kompostu na 100 štvorcových metrov (pre ovocný strom s priemerom koruny do 2,5 metra asi 20 kilogramov a s priemerom 4 metre asi 50 kilogramov maštaľného hnoja). K ovocným stromom dávame tieto hnojivá aspoň 0,5 metra od kmeňa v páse po obvode koruny. Pri kríkoch drobného ovocia dbáme na to, aby sa hnojivá nedostali ku kmienkom a pri jahodách k srdiečkovým listom.

Aj pôdu určenú na pestovanie zeleniny prvej trate osevného postupu (hlúboviny, plodová zelenina, zeler, pór, cukrová kukurica a zemiaky) hnojíme tými istými dávkami ako ovocniny. Organické hnojivo zapracujeme do hĺbky 0,10 - 0,20 metra, pričom pri hnojení ovocnín maximálne do 0,10 metra, aby sme nepoškodili ich korene.

Aby sme vedeli správne určiť dávky hnojív, treba poznať kvalitu pôdy a stav jej výživy, ako aj nároky pestovaných rastlín na živiny. Preto si treba dať urobiť pôdny rozbor na zistenie fyzikálno-chemických vlastností pôdy v niektorom agrolaboratóriu. Ekozáhradkári by si mali zisťovať vlastnosti pôdy každý štvrtý až ôsmy rok, v závislosti od intenzity využívania pôdy. Jeseň je najvhodnejším obdobím na odber vzoriek pôdy, a to v čase po zbere plodín a pred hnojením a spracovaním pôdy.

Na hnojenie používajú ekozáhradkári aj priemyselne vyrobené organické hnojivá, ktoré dovoľujú Pravidlá pre ekologické pestovanie plodín. Sú to biokomposty, najlepšie vermikomposty, vitahum, biohumus, biosubstráty Ekoverm, Rokosa a ďalšie, ale aj rohová múčka, rašelinovo-zeolitový substrát, granulované hnojivo Biomašt a Biokoky a iné. Potrebnú dávku dusíka môžu ekozáhrakári doplniť i výkalmi a močom zvierat.

Ak je to potrebné podľa výsledkov pôdneho rozboru, spolu s organickými hnojivami sa do pôdy zapracujú potrebné fosforečné a draselné hnojivá (napríklad mleté fosfáty, síran draselný, viaczložkové hnojivo Zeo-mix NPK a iné).

Ak z pôdneho rozboru zistíme nedostatok niektorých mikroprvkov (najmä železa, horčíka a bóru) aplikujeme chýbajúce živiny povolenými ekoprípravkami, napríklad síranom železnatým (zelená skalica) a síranom horečnatým (horká soľ).

Kyslé pôdy podľa potreby vápnime odporúčanými dávkami mletého vápenca alebo mletého páleného vápna, prípadne inými vápenatými materiálmi a odpadmi. Pôdu vápnime len v roku, keď ju nehnojíme organickým hnojivom.

Koncom jesene zapracujeme do pôdy aj biomasu získanú z rastlín pestovaných na zelené hnojenie (na viatych pieskoch je lepšie zapracovať ju až na jar).