Na diskrimináciu v zamestnaní, či pri prijímaní do zamestnania sa sťažujú aj ľudia s homosexuálnou orientáciou. Poukazujú na fakt, že hoci Slovenská republika podpísala v roku 2000 Protokol č. 12 k Dohovoru Rady Európy o ochrane ľudských práv a základných slobôd, jeho ratifikáciu zatiaľ odkladá s tým, že nie je aktuálna.
Podľa nich ani politická scéna na Slovensku nie je pripravená na odstránenie diskriminácie občanov s homosexuálnou orientáciou. Viacerí politici totiž zastávajú názor, že homosexualita je liečiteľná a homosexuálov treba liečiť, vystupujú za kategorický zákaz zamestnávania učiteľov s homosexuálnou orientáciou na školách kvôli ich údajnému negatívnemu vplyvu na morálny a psychický vývoj detí.
Podľa stránky združenia Ganymedes sa s diskrimináciou pri prijímaní do zamestnania z dôvodu homosexuálnej orientácie stretli 3 percentá opýtaných, ďalších 7 percent má na diskrimináciu podozrenie. Spomína sa napríklad prípad, keď zamestnávateľ roztrhal žiadosť o prijatie do zamestnania vo veľkosklade so slovami: "tuná buzerantov nezamestnávame".
