Narodil sa v horskej obci Vedeno a rodičia ho pomenovali po slávnom kaukazskom bojovníkovi proti cárskemu Rusku, imámovi Šamilovi. Ako jeho nasledovník si Basajev vytýčil za cieľ nielen oslobodenie Čečenska, ale aj zjednotenie kaukazských národov do jedného štátu.

Meno charizmatického Basajeva si novinári zapamätali až v júni 1995, keď obsadil nemocnicu v Buďonnovsku a výmenou za prepustenie rukojemníkov dosiahol začatie mierových rozhovorov. V Buďonnovsku zomrelo pri nepodarenom zásahu ruských špeciálnych jednotiek 130 civilistov a 36 vojakov.

Z naivného bojovníka za slobodu sa postupne stával vášnivý radikál ovládaný vlastnými ambíciami a túžbou po vojenskom i politickom rešpekte. Potom, čo v prezidentských voľbách v roku 1997 zvíťazil Aslan Maschadov, Basajev sa stal síce premiérom, ale nedokázal sa v civilnom živote uplatniť.

V lete roku 1999 napadol Dagestan, čo bolo pre Rusov ospravedlnením na začatie ďalšej vojny v Čečensku. V tom čase bol Basajev už obklopený radikálnymi islamistami zo zahraničia. Vyhlásenia národnostného charakteru ustupovali náboženským heslám.

V roku 2000 pri ústupe z Rusmi obľahnutého Grozného šliapol na mínu a amputovali mu nohu. Dnes sa Šamil podpisuje ako "amir diverzného pluku čečenských šahídov Rijadus-Salichin, Abdullah Šamil Abu-Idris".

V posledných rokoch sa prihlásil k mnohým teroristickým útokom vrátane obsadenia divadla na Dubrovke pred dvoma rokmi. Napriek tomu dodával, že nebojoval s civilistami, ale s ruskou mocou. "Prečo ma nazývate teroristom a ruského letca, ktorý zhodí bombu na dedinu plnú žien a detí, vojakom?" odpovedal otázkou na dotazy novinárov.