Trnava - V. Krtíš 12:0 (6:0), Šaraboková a Kováčiková po 4, Hrašnová 2, Straková, Valentovičová. Na zápasy M. Dvorníky - R. Sobota a Prešov - Ekonóm Bratislava družstva hostí nepricestovali.
| 1. Slovan | 24 | 21 | 1 | 2 | 109:15 | 64 | |
| 2. Humenné | 24 | 19 | 3 | 2 | 125:19 | 60 | |
| 3. N. Zámky | 24 | 19 | 1 | 4 | 120:27 | 58 | |
| 4. Žilina | 24 | 17 | 4 | 3 | 114:19 | 55 | |
| 5. Košice | 24 | 16 | 2 | 6 | 127:39 | 50 | |
| 6. Žiar n/Hr. | 24 | 12 | 2 | 10 | 74:47 | 38 | |
| 7. Prešov | 24 | 12 | 2 | 10 | 61:57 | 38 | |
| 8. Čadca | 24 | 9 | 1 | 14 | 43:53 | 28 | |
| 9. Trnava | 24 | 7 | 1 | 16 | 53:86 | 22 | |
| 10. M. Dvorníky | 24 | 5 | 2 | 17 | 23:113 | 17 | |
| 11. Ekonóm | 24 | 5 | 1 | 18 | 31:76 | 16 | |
| 12. V. Krtíš | 24 | 3 | 21 | 15:178 | 9 | ||
| 13. Nitra | 24 | 1 | 23 | 20:186 | 3 |
Majstrom SR sa v súťažnom ročníku 2003/2004 stalo družstvo ŠK Slovan Bratislava.
V zmysle súťažného poriadku a futbalových noriem SFZ bola 1. DFC Rimavská Sobota z 1. ligy žiačok vylúčená a všetky jej výsledky sa anulovali. (hup)
