V prvých priamych voľbách v roku 1999 získal 1727481 hlasov, čo predstavovalo 57,18 %. Volebná účasť bola 75,45 %.
V apríli 2004 skončil na štvrtom mieste s počtom hlasov 147549, čo bolo 7,2 % hlasov. Na voľbách sa zúčastnilo len 47,9 % voličov.
Správy o stave republiky
Pri nástupe do funkcie symbolicky zviazal spolu s predsedom parlamentu Jozefom Migašom a premiérom Mikulášom Dzurindom Svätoplukove prúty na znak jednoty a v správe o stave republiky v roku 2001 povedal, že ich spoločné stretnutia sa stali sporadické a formálne, vládu podrobil ostrej kritike. Vo vlaňajšej správe bol tiež kritický. Spomenul, že na ľudí ťažko doliehajú reformy, venoval sa aj politickým kauzám. Koalícia povedala, že odštartoval prezidentskú kampaň.
Referendá
V roku 2000 šéfovi HZDS Mečiarovi prekvapivo sľúbil, že sa vopred vyjadrí o ústavnosti referendovej otázky o predčasných voľbách. Poslancom nástojčivo odporučil v tejto veci novelizovať Ústavu SR, aby sa mohol obrátiť na Ústavný súd.
Naposledy však prezident takúto možnosť nevyužil a keď prišli odborári s návrhom opäť uskutočniť referendum o predčasných voľbách na súd sa neobrátil. Prezident navyše čelil kritike, že referendum spojil s prezidentskými voľbami.
Choroba
Rok po nástupe do funkcie vážne ochorel. Napokon sa doliečil v rakúskom Innsbrucku. Vzťahy prezidenta s vládnymi politikmi boli v tom čase napäté. Prezidentovi sa nepáčilo, že jeho právomoci dočasne prevzal šéf parlamentu. Aj v roku 2002 mal zdravotné ťažkosti. Jeho syn mal podozrenie, že otca chceli otráviť. Prezident opäť hľadal pomoc lekárov u susedov vo Viedni.
Zmierenie a Vatikán
Schuster prišiel do úradu s ideou národného zmierenia. Nedarilo sa ju však naplniť. Z Dzurindovej koalície smerom k HZDS zneli hlasy, že zmierenia niet bez spravodlivosti. Národná púť do Vatikánu v roku 2000 však politikov asi veľmi nezmierila, s prezidentom odišli za Svätým Otcom len politici druhého rangu. Komplikácie sprevádzala aj tohtoročná ďakovná púť do Vatikánu. S prezidentom odmietli ísť viacerí politici. Kresťanskí demokrati však pri nedávnej rozlúčke Schusterovi poďakovali za to, že sa za jeho éry podarilo prijať základnú zmluvu medzi Slovenskom a Vatikánom.
