Šesťdesiatjedenročný Ford v utorok oficiálne ukončil rozvodové konanie so scenáristkou Melissou Mathisonovou, s ktorou sa zosobášil v roku 1983. Mathisonová požiadala súd o zverenie ich dvoch detí do opatery. Herec má okrem potomkov z manželstva s Mathisonovou aj dve deti z predchádzajúceho manželského zväzku s Mary Marquardtovou. S tou sa zosobášil v roku 1964 ako 22-ročný, ich manželstvo sa skončilo po 15 rokoch v roku 1979. Ford sa s Mathisonovou, ktorá je od neho o desať rokov mladšia, zoznámil v roku 1979 počas nakrúcania kultového protivojnového filmu Francisa Forda Coppolu Dnešná apokalypsa. Oddelene však žili už od roku 2000.

Takmer dva roky je Harrison priateľom 39-ročnej Calisty Flockhartovej, hlavnej predstaviteľky komediálne ladeného seriálu z právnického prostredia Ally McBealová.