Vatikán zatiaľ oficiálne nepotvrdil, že pápež Ján Pavol II. trpí na Parkinsonovu chorobu, no neoficiálne sa o tom hovorilo od začiatku deväťdesiatych rokov, keď začalo byť viditeľné trasenie rúk a problémy s rečou. V roku 1999 diagnózu potvrdil chirirg Gianfranco Fineschi, člen tímu, ktorý pápeža operoval v roku 1994, keď si zlomil nohu.
K istému potvrdeniu došlo v roku 2002, keď pápežovu Parkinsonovu chorobu spomenul kardinál Giovanni Battista Re, prefekt vatikánskej Kongregácie pre biskupov.
Okrem toho pápež trpí ochorením kĺbov a následkami atentátu v roku 1981, pri ktorom guľka zasiahla brušnú dutinu a museli mu vyoperovať kus tenkého čreva. V roku 1992 podstúpil aj operáciu nádoru na hrubom čreve.
